[日本語] English
万見
- PDB-2v5r: Structural basis for Dscam isoform specificity -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5r
タイトルStructural basis for Dscam isoform specificity
要素DSCAM
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / DOWN SYNDROME CELL ADHESION MOLECULE DSCAM NEUROBIOLOGY SPL IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE (生体膜) / DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達)
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / dendrite self-avoidance / ventral cord development / cell-cell adhesion mediator activity / axon guidance receptor activity / axon extension involved in axon guidance ...DSCAM interactions / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / dendrite self-avoidance / ventral cord development / cell-cell adhesion mediator activity / axon guidance receptor activity / axon extension involved in axon guidance / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / 食作用 / antigen binding / 軸索誘導 / perikaryon / neuron projection / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule Dscam1 / Cell adhesion molecule Dscam1
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Schmucker, D. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Dscam Isoform Specificity
著者: Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Wang, J.-H. / Schmucker, D.
履歴
登録2007年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DSCAM
B: DSCAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,90612
ポリマ－86,9522
非ポリマー1,95410
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area49080 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)277.781, 70.548, 72.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.863, -0.001, 0.506), (-1, -0.001), (0.506, -0.863)
ベクター: -19.04812, -46.12549, 70.22813)
詳細THE DIMERIC STATE DESCRIBED IN REMARK 350 BELOW HASHAS BEEN EXPERIMENTALLY VALIDATED USIING BEAD AGGREGATIONASSAYS.

-
要素

#1: タンパク質 DSCAM / / DOWN SYNDROME CELL ADHESION MOLECULE DSCAM


分子量: 43476.008 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL FOUR DOMAINS (D1, D2, D3 AND D4), RESIDUES 36-423
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM 4.9/6.9
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
器官: BRAIN脳 / Variant: SPLICING VARIANT 4.9/6.9 / プラスミド: BACNBLUE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NBA1, UniProt: Q0E9K4*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
配列の詳細THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE ...THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE PROTEIN WHERE EXON 4 COVERING RESIDUES 102 TO 156 CONSISTS OF ISOFORM 9 AND EXON 6 COVERING RESIDUES 205 TO 245 CONSISTS OF ISOFORM 9.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10 % PEG 8000, 1MM SPERMIDINE, 0.1 M TRISHCL PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 53580 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 55.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V5M

2v5m


解像度: 3→20 Å
詳細: B GROUP REFINEMENT NCS REFINEMENT DOMAIN D4 (RESIDUES 309-391) IS LESS WELL DEFINED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 -5 %
Rwork0.271 --
obs-22250 86 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 124 0 6232

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る