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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v4y | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF E. COLI UMP KINASE IN COMPLEX WITH ITS ALLOSTERIC REGULATOR GTP | ||||||
要素 | URIDYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOTIDE-BINDING / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / ATP-BINDING / ALLOSTERIC ENZYME / GTP / KINASE (キナーゼ) / ALLOSTERY (アロステリック効果) / NMP KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / UDP biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Meyer, P. / Evrin, C. / Briozzo, P. / Joly, N. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural and Functional Characterization of Escherichia Coli Ump Kinase in Complex with its Allosteric Regulator GTP. 著者: Meyer, P. / Evrin, C. / Briozzo, P. / Joly, N. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v4y.cif.gz | 278.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v4y.ent.gz | 225.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2bnfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25999.277 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PDIA17 / 参照: UniProt: P0A7E9, UMP kinase #2: 化合物 | ChemComp-GTP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 159 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 159 TO ASN ...ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (GTP): IN A1243, B1243, C1243, D1243, E1243, F1243 ONLY THE PHOSPHATE ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 43% PEG 400, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 22.5 MM GTP, 100 MM NACL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2826 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2826 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→49.15 Å / Num. obs: 34062 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BNF 解像度: 2.8→49.038 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.97 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.038 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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