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- PDB-2trx: CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2trx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION
要素THIOREDOXINチオレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
チオレドキシン / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Katti, S.K. / Lemaster, D.M. / Eklund, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of thioredoxin from Escherichia coli at 1.68 A resolution.
著者: Katti, S.K. / LeMaster, D.M. / Eklund, H.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1975
タイトル: Three-Dimensional Structure of Escherichia Coli Thioredoxin-S2 to 2.8 Angstroms Resolution
著者: Holmgren, A. / Soderberg, B.-O. / Eklund, H. / Branden, C.-I.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of Oxidized Thioredoxin to 4.5 Angstroms Resolution
著者: Soderberg, B.-O. / Holmgren, A. / Branden, C.-I.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Thioredoxin from Escherichia Coli B
著者: Holmgren, A. / Soderberg, B.-O.
履歴
登録1990年3月19日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,32911
ポリマ－23,3752
非ポリマー9549
水2,522140
1
A: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2246
ポリマ－11,6871
非ポリマー5365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1055
ポリマ－11,6871
非ポリマー4184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: THIOREDOXIN
ヘテロ分子

A: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,44712
ポリマ－23,3752
非ポリマー1,07210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA, PQS
4
B: THIOREDOXIN
ヘテロ分子

B: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,21110
ポリマ－23,3752
非ポリマー8368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.500, 51.060, 60.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 76 AND PRO B 76 ARE CIS PROLINES.
2: RESIDUES HIS A 6, LEU A 7, ILE A 23, ASP A 47, GLU A 48, LEU A 58, LEU A 80, HIS B 6, ASP B 47, LEU B 58, AND LEU B 80 HAVE BEEN MODELED AS TWO CONFORMERS.
3: RESIDUES 11 - 21 IN CHAIN B ARE DISORDERED.

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN / チオレドキシン


分子量: 11687.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 3.8 / 手法: microdialysis / 詳細: equilibrium dialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 %(v/v)MPD1reservoir
20.01 Msodium acetate1reservior
31 mMcupric acetatae1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.68 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Num. obs: 27483 / Rmerge F obs: 0.063

-
解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.68→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.165 25969
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 58 140 1842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0550.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.381
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.281
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.971
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.271.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1650.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1740.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.180.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor11.720
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 26415 / Rfactor obs: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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