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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2tmv | ||||||
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タイトル | VISUALIZATION OF PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS IN A VIRUS. REFINED STRUCTURE OF INTACT TOBACCO MOSAIC VIRUS AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION BY X-RAY FIBER DIFFRACTION | ||||||
要素 |
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キーワード | Virus/RNA / VIRUS (ウイルス) / Helical virus / Virus-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス) | ||||||
手法 | 繊維回折 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Stubbs, G. / Pattanayek, R. / Namba, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Visualization of protein-nucleic acid interactions in a virus. Refined structure of intact tobacco mosaic virus at 2.9 A resolution by X-ray fiber diffraction. 著者: Namba, K. / Pattanayek, R. / Stubbs, G. #1: ジャーナル: Science / 年: 1986 タイトル: Structure of Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution. Implications for Assembly 著者: Namba, K. / Stubbs, G. #2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1986 タイトル: Application of Restrained Least-Squares Refinement to Fiber Diffraction from Macromolecular Assemblies 著者: Stubbs, G. / Namba, K. / Makowski, L. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985 タイトル: Solving the Phase Problem in Fiber Diffraction. Application to Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution 著者: Namba, K. / Stubbs, G. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of the RNA in Tobacco Mosaic Virus 著者: Stubbs, G. / Stauffacher, C. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1977 タイトル: Structure of RNA and RNA Binding Site in Tobacco Mosaic Virus from 4-Angstroms Map Calculated from X-Ray Fibre Diagrams 著者: Stubbs, G. / Warren, S. / Holmes, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX THE ENDS OF ALPHA HELICES ARE OFTEN DIFFICULT TO DEFINE AND IN SEVERAL CASES INCLUDE ONE TURN ...HELIX THE ENDS OF ALPHA HELICES ARE OFTEN DIFFICULT TO DEFINE AND IN SEVERAL CASES INCLUDE ONE TURN OF 3/10 HELIX. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2tmv.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2tmv.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2tmv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/2tmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/2tmv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 49||||||||
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3 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 7. | ||||||||
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 49 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 69 Å / Rotation per n subunits: 1080 °) | ||||||||
詳細 | TMV IS A ROD-SHAPED VIRUS 3000 ANGSTROMS LONG AND 180 ANGSTROMS IN DIAMETER, WITH A CENTRAL HOLE OF DIAMETER 40 ANGSTROMS. APPROXIMATELY 2130 IDENTICAL PROTEIN SUBUNITS OF MOLECULAR WEIGHT 17500 FORM A RIGHT-HANDED HELIX OF PITCH 23 ANGSTROMS AND LENGTH 69 ANGTROMS WITH 49 SUBUNITS IN THREE TURNS. A SINGLE STRAND OF RNA FOLLOWS THE BASIC HELIX BETWEEN THE PROTEIN SUBUNITS AT A DISTANCE OF 40 ANGSTROMS. THERE ARE THREE NUCLEOTIDES BOUND TO EACH PROTEIN SUBUNIT. |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17505.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス) 株: vulgare / 参照: UniProt: P03570, UniProt: P69687*PLUS | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#4: 水 | ChemComp-HOH / | ||
非ポリマーの詳細 | WATER MOLECULE 45 OCCUPIES A SITE BELIEVED TO BIND CALCIUM AT HIGHER CALCIUM CONCENTRAT配列の詳細 | GENERATION OF DIFFERENT SUBUNITS IS MOST EASILY DONE IN POLAR COORDINATES. ASSUME THAT THE ...GENERATION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 繊維回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.096 / 最高解像度: 2.9 Å 詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES ...詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES COORDINATE REFINEMENT. THE STRUCTURE INCLUDES 154 OF THE 158 AMINO ACIDS AND THREE RNA NUCLEOTIDES MODELLED AS GAA BUT REPRESENTING THE ENTIRE NUCLEIC ACID CONTENT. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
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拘束条件 |
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