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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tmv
タイトルVISUALIZATION OF PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS IN A VIRUS. REFINED STRUCTURE OF INTACT TOBACCO MOSAIC VIRUS AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION BY X-RAY FIBER DIFFRACTION
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
  • TMV COAT PROTEIN
キーワードVirus/RNA / VIRUS (ウイルス) / Helical virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / カプシド / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
手法繊維回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stubbs, G. / Pattanayek, R. / Namba, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1989
タイトル: Visualization of protein-nucleic acid interactions in a virus. Refined structure of intact tobacco mosaic virus at 2.9 A resolution by X-ray fiber diffraction.
著者: Namba, K. / Pattanayek, R. / Stubbs, G.
#1: ジャーナル: Science / : 1986
タイトル: Structure of Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution. Implications for Assembly
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / : 1986
タイトル: Application of Restrained Least-Squares Refinement to Fiber Diffraction from Macromolecular Assemblies
著者: Stubbs, G. / Namba, K. / Makowski, L.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / : 1985
タイトル: Solving the Phase Problem in Fiber Diffraction. Application to Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 1981
タイトル: Structure of the RNA in Tobacco Mosaic Virus
著者: Stubbs, G. / Stauffacher, C.
#5: ジャーナル: Nature / : 1977
タイトル: Structure of RNA and RNA Binding Site in Tobacco Mosaic Virus from 4-Angstroms Map Calculated from X-Ray Fibre Diagrams
著者: Stubbs, G. / Warren, S. / Holmes, K.
履歴
登録1988年9月15日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX THE ENDS OF ALPHA HELICES ARE OFTEN DIFFICULT TO DEFINE AND IN SEVERAL CASES INCLUDE ONE TURN ...HELIX THE ENDS OF ALPHA HELICES ARE OFTEN DIFFICULT TO DEFINE AND IN SEVERAL CASES INCLUDE ONE TURN OF 3/10 HELIX.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: TMV COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5043
ポリマ-18,4642
非ポリマー401
1,33374
1
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: TMV COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)906,704147
ポリマ-904,74098
非ポリマー1,96449
1,76598
タイプ名称対称操作
helical symmetry operation48
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: SEE REMARK 7.
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 49 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 69 Å / Rotation per n subunits: 1080 °)
詳細TMV IS A ROD-SHAPED VIRUS 3000 ANGSTROMS LONG AND 180 ANGSTROMS IN DIAMETER, WITH A CENTRAL HOLE OF DIAMETER 40 ANGSTROMS. APPROXIMATELY 2130 IDENTICAL PROTEIN SUBUNITS OF MOLECULAR WEIGHT 17500 FORM A RIGHT-HANDED HELIX OF PITCH 23 ANGSTROMS AND LENGTH 69 ANGTROMS WITH 49 SUBUNITS IN THREE TURNS. A SINGLE STRAND OF RNA FOLLOWS THE BASIC HELIX BETWEEN THE PROTEIN SUBUNITS AT A DISTANCE OF 40 ANGSTROMS. THERE ARE THREE NUCLEOTIDES BOUND TO EACH PROTEIN SUBUNIT.

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 TMV COAT PROTEIN


分子量: 17505.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
: vulgare / 参照: UniProt: P03570, UniProt: P69687*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
非ポリマーの詳細WATER MOLECULE 45 OCCUPIES A SITE BELIEVED TO BIND CALCIUM AT HIGHER CALCIUM CONCENTRATIONS.
配列の詳細GENERATION OF DIFFERENT SUBUNITS IS MOST EASILY DONE IN POLAR COORDINATES. ASSUME THAT THE ...GENERATION OF DIFFERENT SUBUNITS IS MOST EASILY DONE IN POLAR COORDINATES. ASSUME THAT THE REFERENCE COORDINATES ARE FROM SUBUNIT NUMBER 0. CONVERT X(0) AND Y(0) TO POLAR COORDINATES R(0) AND PHI(0). PHI IS IN DEGREES. SUBUNIT N IS GENERATED BY R(N) = R(0) PHI(N) = PHI(0) + (3*360/49)*N Z(N) = Z(0) + (69/49)*N THEN CONVERT R(N) AND PHI(N) BACK TO CARTESIAN COORDINATES X(N) AND Y(N). THE LENGTH OF THE BASIC REPEAT UNIT IS 69.0 ANGSTROMS. THE NUMBER OF SUBUNITS IN THE BASIC REPEAT UNIT IS 49.

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.096 / 最高解像度: 2.9 Å
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES ...詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES COORDINATE REFINEMENT. THE STRUCTURE INCLUDES 154 OF THE 158 AMINO ACIDS AND THREE RNA NUCLEOTIDES MODELLED AS GAA BUT REPRESENTING THE ENTIRE NUCLEIC ACID CONTENT.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 67 1 74 1354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
FIBER DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
FIBER DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
FIBER DIFFRACTIONp_angle_deg
FIBER DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
FIBER DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
FIBER DIFFRACTIONp_mcbond_it0.581
FIBER DIFFRACTIONp_mcangle_it1.0611.5
FIBER DIFFRACTIONp_scbond_it0.3051
FIBER DIFFRACTIONp_scangle_it0.7281.5
FIBER DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
FIBER DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1350.15
FIBER DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2290.5
FIBER DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.4060.5
FIBER DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2880.5
FIBER DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
FIBER DIFFRACTIONp_planar_tor1.93
FIBER DIFFRACTIONp_staggered_tor
FIBER DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
FIBER DIFFRACTIONp_transverse_tor
FIBER DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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