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万見
- PDB-2row: The C1 domain of ROCK II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2row
タイトルThe C1 domain of ROCK II
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein (タンパク質) / ATP-binding / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB1 GTPase cycle / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / VEGFA-VEGFR2 Pathway / RHOB GTPase cycle / : / cellular response to acetylcholine / RHOH GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of connective tissue growth factor production ...RHOBTB1 GTPase cycle / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / VEGFA-VEGFR2 Pathway / RHOB GTPase cycle / : / cellular response to acetylcholine / RHOH GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of connective tissue growth factor production / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of centrosome duplication / RHOA GTPase cycle / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of connective tissue replacement / positive regulation of fibroblast growth factor production / response to transforming growth factor beta / regulation of nervous system process / regulation of cell junction assembly / negative regulation of bicellular tight junction assembly / postsynaptic actin cytoskeleton organization / regulation of protein metabolic process / regulation of synapse maturation / regulation of cellular response to hypoxia / positive regulation of protein localization to early endosome / embryonic morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / actomyosin structure organization / spindle pole centrosome / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / chromosome condensation / dendrite morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of amyloid-beta formation / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / smooth muscle contraction / 上皮間葉転換 / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / neural tube closure / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of circadian rhythm / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / small GTPase binding / rhythmic process / kinase activity / actin cytoskeleton organization / positive regulation of MAPK cascade / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / リン酸化 / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / 中心体 / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wen, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The C1 domain of ROCK II
著者: Wen, W. / Liu, W. / Yan, J. / Zhang, M.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1373
ポリマ－10,0061
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated protein kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / p164 ROCK-2 / RhoA-binding kinase 2 / ...Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / p164 ROCK-2 / RhoA-binding kinase 2 / p150 ROK-alpha / ROKalpha


分子量: 10005.706 Da / 分子数: 1 / 断片: C1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rock2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q62868, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1333D CBCA(CO)NH
1433D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C] protein, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 15N]1
1 mMprotein[U-100% 13C]2
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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