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万見
- PDB-2rjh: Crystal structure of biosynthetic alaine racemase in D-cycloserin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rjh
タイトルCrystal structure of biosynthetic alaine racemase in D-cycloserine-bound form from Escherichia coli
要素Alanine racemaseアラニンラセマーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / alpha/beta barrel / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Peptidoglycan synthesis (ペプチドグリカン) / Pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


アラニンラセマーゼ / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape / protein homodimerization activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / アラニンラセマーゼ / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / アラニンラセマーゼ / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / アラニンラセマーゼ / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DCS / Alanine racemase, biosynthetic
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wu, D. / Hu, T. / Zhang, L. / Jiang, H. / Shen, X.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Residues Asp164 and Glu165 at the substrate entryway function potently in substrate orientation of alanine racemase from E. coli: Enzymatic characterization with crystal structure analysis
著者: Wu, D. / Hu, T. / Zhang, L. / Chen, J. / Du, J. / Ding, J. / Jiang, H. / Shen, X.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
C: Alanine racemase
D: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,57414
ポリマ－165,6654
非ポリマー1,90910
水10,196566
1
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8838
ポリマ－82,8322
非ポリマー1,0516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-31.3 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
2
C: Alanine racemase
D: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6916
ポリマ－82,8322
非ポリマー8594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-18.7 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.713, 147.713, 163.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

-
要素

#1: タンパク質
Alanine racemase / アラニンラセマーゼ


分子量: 41416.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: alr / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6B4, アラニンラセマーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-DCS / D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE / D-PYRIDOXYL-N,O-CYCLOSERYLAMIDE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 333.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N3O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 1.6M ammonium sulfate, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→164.399 Å / Num. obs: 78993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.537.70.3951.988892114950.39599.7
2.53-2.688.60.3212.393995109230.321100
2.68-2.8790.262.992047101900.26100
2.87-3.19.50.18849093895520.188100
3.1-3.3910.10.1265.98842087660.126100
3.39-3.7910.70.0868.68548679640.086100
3.79-4.3811.30.06710.87903669980.067100
4.38-5.3711.50.05612.76839159640.056100
5.37-7.5911.60.06710.95299745880.067100
7.59-40.9311.20.037172868325530.03799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RCQ

1rcq


解像度: 2.4→15 Å / σ(F): 31
詳細: This is a twinned structure, the detwin fraction is 0.400, and operator is 'h, -h-k, -l'.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 7605 9.7 %
Rwork0.199 --
obs-78640 99.9 %
溶媒の処理Bsol: 37.124 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 20.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.246 Å2-3.529 Å20 Å2
2---2.246 Å20 Å2
3---4.492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10949 0 118 566 11633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5742.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4kcx.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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