PDB-2rbx: Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with pyrimidine-2,4,6-tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rbx

タイトル

Cytochrome C Peroxidase W191G in complex with pyrimidine-2,4,6-triamine.

要素

Cytochrome C Peroxidase

シトクロムcペルオキシダーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

シトクロムcペルオキシダーゼ /

cytochrome-c peroxidase activity /

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ /

peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process /

ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress /

ミトコンドリアマトリックス /

heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Graves, A.P. / Boyce, S.E. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
著者: Graves, A.P. / Shivakumar, D.M. / Boyce, S.E. / Jacobson, M.P. / Case, D.A. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rbx.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rbx.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/2rbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rayC 2razC 2rb0C 2rb1C 2rb2C 2rbnC 2rboC 2rbpC 2rbqC 2rbrC 2rbsC 2rbtC 2rbuC 2rbvC 2rbwC 2rbyC 2rbzC 2rc0C 2rc1C 2rc2C 1ac4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rbv-d 1dj5-d 1dj1-d 3ccx-d 1esd-d 1cpg-d 3m23-d 1dso-d 4nvc-d 5ccp-d 3m28-d 2cep-d 1ese-d 1aeb-d 1aa4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Cytochrome C Peroxidase

ヘテロ分子

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.923, 75.141, 107.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytochrome C Peroxidase / シトクロムcペルオキシダーゼ / E.C.1.11.1.5 分子量: 33198.867 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: ccp1, ccp, cpo / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A7A026, UniProt: P00431*PLUS, シトクロムcペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-3AY / PYRIMIDINE-2,4,6-TRIAMINE / 2,4,6-トリアミノピリミジン分子量: 125.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇N₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 6 詳細: MES, MPD, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115872
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射	モノクロメーター: KHOZU DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 66457 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.385 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
REFMAC		位相決定

精密化

開始モデル: 1AC4

1ac4

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.81 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	3371	5.1 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.153	66380	99.8 %	-
all	-	66380	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	57	375	2767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.141	2.007	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.34	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.567	24.848	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.334	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.531	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.874	1.5	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.314	2	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.018	3	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.576	4.5	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.543	3	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.22	3	380
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.98	3	2444

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	251	-
R_work	0.21	4512	-
obs	-	-	97.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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