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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r93 | ||||||
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タイトル | Elongation complex of RNA polymerase II with a hepatitis delta virus-derived RNA stem loop | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/RNA / TRANSFERASE/DNA/RNA / DNA-BINDING / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / RNA POLYMERASE II (RNAポリメラーゼII) / METAL-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION BUBBLE / ELONGATION COMPLEX / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA-DEPENDENT / RNA-DEPENDENT RNA SYNTHESIS / RDRP (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / DDRP / RNA-BINDING / HEPATITIS DELTA VIRUS (D型肝炎) / HDV / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Magnesium (マグネシウム) / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Ubl conjugation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Polymorphism / Cytoplasm (細胞質) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / mRNA processing (転写後修飾) / Transferase-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Lehmann, E. / Brueckner, F. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Molecular basis of RNA-dependent RNA polymerase II activity. 著者: Lehmann, E. / Brueckner, F. / Cramer, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r93.cif.gz | 816.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2r93.ent.gz | 639.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r93 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#1: RNA鎖 | 分子量: 5671.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in hepatitis delta virus. |
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-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#2: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#3: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, ポリメラーゼ |
#5: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, ポリメラーゼ |
#8: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, ポリメラーゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999, ポリメラーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, ポリメラーゼ |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#6: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, ポリメラーゼ |
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#7: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, ポリメラーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, ポリメラーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, ポリメラーゼ |
#13: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422, ポリメラーゼ |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#14: 化合物 | ChemComp-ZN / #15: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.025 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.586 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% (w/v) PEG 6000, 200 mM ammonium acetate, 150 mM magnesium acetate, 50 mM Hepes pH 7.0, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→50 Å / Num. all: 104533 / Num. obs: 104533 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 10323 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→50 Å
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拘束条件 |
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