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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qyp | ||||||
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タイトル | Orthorhombic Crystal Structure of Human Saposin C Dimer in Open Conformation | ||||||
要素 | Proactivator polypeptide | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / saposin / activator protein (アクチベーター) / sap / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Disease mutation / Gaucher disease (ゴーシェ病) / Glycoprotein (糖タンパク質) / GM2-gangliosidosis / Lipid metabolism (脂質代謝) / Lysosome (リソソーム) / Metachromatic leukodystrophy / Sphingolipid metabolism (スフィンゴ脂質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / prostate gland growth / Glycosphingolipid catabolism / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development ...positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / prostate gland growth / Glycosphingolipid catabolism / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / sphingolipid metabolic process / lysosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of lipid metabolic process / enzyme activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / lysosomal lumen / regulation of autophagy / phospholipid binding / late endosome / Platelet degranulation / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / リソソーム / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Rossmann, M. / Saenger, W. / Maier, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of human saposins C and d: implications for lipid recognition and membrane interactions. 著者: Rossmann, M. / Schultz-Heienbrok, R. / Behlke, J. / Remmel, N. / Alings, C. / Sandhoff, K. / Saenger, W. / Maier, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qyp.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qyp.ent.gz | 30 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qyp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10378.861 Da / 分子数: 2 / 断片: Saposin-C Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAP, GLBA, SAP1 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P07602 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20 mM NaAcetate, 200 mM ammonium sulfate, 30% (v/v) pentaerythriol ethoxylate 15/4, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月22日 / 詳細: Osmic MaxFlux |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→32.2 Å / Num. all: 8971 / Num. obs: 8971 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 76.9 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 898 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.484 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.279 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Total num. of bins used: 20
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