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万見
- PDB-2qvb: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase Rv2579 from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qvb
タイトルCrystal Structure of Haloalkane Dehalogenase Rv2579 from Mycobacterium tuberculosis
要素Haloalkane dehalogenase 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Rv2579 / haloalkane dehalogenase / alpha-beta hydrolase protein / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


halogenated hydrocarbon catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / peptidoglycan-based cell wall / hydrolase activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase 3 / Haloalkane dehalogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Mazumdar, P.A. / Hulecki, J. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of Mycobacterium tuberculosis haloalkane dehalogenase Rv2579.
著者: Mazumdar, P.A. / Hulecki, J.C. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.
履歴
登録2007年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase 3
B: Haloalkane dehalogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0606
ポリマ－66,8652
非ポリマー1954
水12,052669
1
A: Haloalkane dehalogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5303
ポリマ－33,4331
非ポリマー982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Haloalkane dehalogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5303
ポリマ－33,4331
非ポリマー982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.7, 65.7, 129.7
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase 3 /


分子量: 33432.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dhaA / プラスミド: pDEST-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q50642, UniProt: P9WMR9*PLUS, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, magnesium acetate, 0.1M Tris, 5% ethylene glycol , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 134255 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 10126 / Χ2: 0.804 / % possible all: 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MJ5

1mj5


解像度: 1.19→36.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.138 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 6695 5 %RANDOM
Rwork0.12 ---
obs-127495 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 10 669 5347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224873
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1771.9476617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19238144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.627236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.025487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.23719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.22396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.22520
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.53036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.51203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it24772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it32123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.51845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr39463
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3676
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded38117
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.222 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.2 337
Rwork0.15 7010
obs-7347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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