+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2prj | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Binding of N-acetyl-beta-D-glucopyranosylamine to Glycogen Phosphorylase B | |||||||||
要素 | GLYCOGEN PHOSPHORYLASEグリコーゲンホスホリラーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE (グリコーゲンホスホリラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Oikonomakos, N.G. / Kontou, M. / Zographos, S.E. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. / Bichard, C.J.F. / Fleet, G.W.J. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: N-acetyl-beta-D-glucopyranosylamine: a potent T-state inhibitor of glycogen phosphorylase. A comparison with alpha-D-glucose. 著者: Oikonomakos, N.G. / Kontou, M. / Zographos, S.E. / Watson, K.A. / Johnson, L.N. / Bichard, C.J. / Fleet, G.W. / Acharya, K.R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: The Design of Inhibitors of Glycogen Phosphorylase: A Study of Alpha and Beta Glucoheptonamides and 1-Thio-Beta-D-Glucose Compounds 著者: Watson, K.A. / Mitchell, E.P. / Johnson, L.N. / Son, J.C. / Bichard, C.J.F. / Orchard, M.G. / Fleet, G.W.J. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D. / Kontou, M. / Papageorgiou, A.C. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2prj.cif.gz | 184.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2prj.ent.gz | 145.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2prj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2prj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2prj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE骨格筋 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-NBG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE WAS CO-CRYSTALLISED WITH 20 MM N-ACETYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSYLAMINE IN A MEDIUM CONSISTING OF 20-30 MG/ML ENZYME, 1 MM IMP, 1 MM SPERMINE, 10 MM BES, 3 MM ...詳細: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE WAS CO-CRYSTALLISED WITH 20 MM N-ACETYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSYLAMINE IN A MEDIUM CONSISTING OF 20-30 MG/ML ENZYME, 1 MM IMP, 1 MM SPERMINE, 10 MM BES, 3 MM DITHIOTHREITOL, 0.1 MM EDTA, 0.02% (W/V) SODIUM AZIDE, PH 6.7 AT 16 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 日付: 1994年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28.17 Å / Num. obs: 35730 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 46.5 |
反射 | *PLUS % possible obs: 84 % / Num. measured all: 62732 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→18.17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.17 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 34607 / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|