PDB-2pl9: Crystal Structure of CheY-Mg(2+)-BeF(3)(-) in Complex with CheZ(C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pl9

タイトル

Crystal Structure of CheY-Mg(2+)-BeF(3)(-) in Complex with CheZ(C19) Peptide solved from a P2(1)2(1)2 Crystal

要素

(Chemotaxis protein ...

走化性) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

CHEMOTAXIS (走化性) / CHEY-CHEZ PEPTIDE COMPLEX / CHEY-BEF(3)(-)

機能・相同性

機能・相同性情報

archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 /

regulation of chemotaxis /

phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system /

走化性 /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Guhaniyogi, J. / Stock, A.M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Interaction of CheY with the C-terminal peptide of CheZ.
著者: Guhaniyogi, J. / Wu, T. / Patel, S.S. / Stock, A.M.

履歴

登録	2007年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Advisory / Other
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2020年9月2日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: struct_biol / struct_keywords / struct_site Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text ..._struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pl9.cif.gz	96.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pl9.ent.gz	74.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pl9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pmcC 1fqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jj6-1 3nv1-d 1s4i-2 1s4i-4 3iih-d 6xvs-1 4yul-d 1r2e-d 3ihe-d 3nv2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chemotaxis protein cheY

B: Chemotaxis protein cheY

C: Chemotaxis protein cheY

D: Chemotaxis protein cheZ

E: Chemotaxis protein cheZ

F: Chemotaxis protein cheZ

ヘテロ分子

48.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Chemotaxis protein cheY

D: Chemotaxis protein cheZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Chemotaxis protein cheY

E: Chemotaxis protein cheZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Chemotaxis protein cheY

F: Chemotaxis protein cheZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.058, 162.972, 37.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 2 - 129 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

詳細

The asymmetric unit contains three biological units (chains A & D, chains B & E and chains C & F).

-
Chemotaxis protein ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Chemotaxis protein cheY / 走化性分子量: 14009.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: cheY / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P0A2D5
#2: タンパク質・ペプチド	Chemotaxis protein cheZ / 走化性分子量: 1949.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence corresponds to the C-terminal 19 residues of the CheZ protein occurring naturally in Salmonella enterica serovar Typhumurium. 参照: UniProt: P07800

-
非ポリマー , 4種, 61分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 37.5 % PEG 8000, 0.1 M ammonium thiocyanate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月11日 / 詳細: vertical mirrors

放射

モノクロメーター: Horizontally deflecting and focusing crystal before a vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 15119 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Χ²: 1.068 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	8.6	0.355	1438	1.093	1	99.2
2.59-2.69	8.6	0.295	1497	1.079	1	99.5
2.69-2.82	8.6	0.275	1463	1.097	1	99.5
2.82-2.96	8.5	0.217	1490	1.074	1	99.7
2.96-3.15	8.5	0.183	1498	1.091	1	99.4
3.15-3.39	8.5	0.141	1509	1.039	1	99.7
3.39-3.73	8.4	0.112	1507	1.078	1	99.6
3.73-4.27	8.2	0.09	1526	1.049	1	99.7
4.27-5.38	8.2	0.081	1552	1.051	1	99.7
5.38-30	7.6	0.081	1639	1.027	1	99.1

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.4 Å
Translation	2.5 Å	29.4 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15016

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.06-100	48.3	0.585	504
6.33-8.06	58.9	0.655	502
5.51-6.33	56.8	0.691	507
5-5.51	53.6	0.732	503
4.62-5	57	0.752	505
4.34-4.62	56.6	0.78	508
4.11-4.34	52.2	0.767	508
3.93-4.11	50.6	0.762	502
3.77-3.93	51.4	0.72	505
3.63-3.77	53.3	0.749	531
3.51-3.63	49.5	0.755	540
3.39-3.51	52.9	0.743	531
3.29-3.39	52.4	0.694	607
3.2-3.29	47	0.71	575
3.11-3.2	48	0.743	576
3.03-3.11	52.2	0.721	641
2.96-3.03	54.2	0.701	623
2.89-2.96	53.6	0.685	633
2.83-2.89	56	0.688	667
2.77-2.83	52.2	0.711	687
2.71-2.77	50	0.71	679
2.66-2.71	51.8	0.677	670
2.61-2.66	51.1	0.699	735
2.56-2.61	51.3	0.705	729
2.5-2.56	58.1	0.667	1048

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	345 mm	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FQW

1fqw

解像度: 2.6→29.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / SU B: 31.499 / SU ML: 0.351 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	1371	10.3 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
all	0.22	-	-	-
obs	0.22	13375	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3308	0	27	54	3389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.988	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.333	26.327	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.286	15	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.726	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.065	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.272	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.636	1.5	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.615	2	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.412	3	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.065	4.5	1119

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 981 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
1	A	LOOSE THERMAL	1.31	10
2	B	LOOSE THERMAL	1.34	10
3	C	LOOSE THERMAL	1.39	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	101	-
R_work	0.21	881	-
obs	-	982	98.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8522	0.2318	-0.2395	4.5412	-0.7627	1.7075	-0.0229	-0.452	-0.0628	0.2425	-0.0994	-0.2109	0.028	0.3368	0.1222	-0.0368	-0.0109	-0.0125	-0.0546	0.0187	-0.0933	-8.2599	41.6901	1.6596
2	2.3438	1.6771	-0.6763	3.1981	0.3685	1.4219	0.0057	0.197	0.2562	-0.2645	-0.0299	0.0226	-0.0835	-0.1636	0.0242	-0.0934	0.0095	0.0061	-0.0232	0.0042	-0.0782	-11.6505	46.1235	-10.4398
3	22.9525	21.296	-0.9121	20.22	0.0692	1.8545	0.1205	0.7718	0.1456	-0.2989	0.1294	-0.4183	0.0674	0.5855	-0.2499	0.0762	0.0381	0.0566	0.0368	-0.019	0.1203	-0.135	36.4858	-10.5376
4	3.6229	0.604	-1.0721	2.9769	1.2825	1.8715	0.0012	0.6144	-0.3054	-0.3719	-0.1041	0.2715	-0.1438	-0.4497	0.1029	-0.0393	0.0231	-0.0124	0.0467	-0.0254	-0.0022	-21.7386	68.1618	-1.8774
5	3.0097	0.7647	-1.5973	4.5674	0.5984	2.191	-0.1153	0.0293	0.1717	0.3394	0.0195	-0.1834	-0.0333	0.1012	0.0958	-0.0504	0.0179	0.009	-0.053	-0.0351	-0.0888	-17.5245	75.9596	9.0659
6	1.2118	-1.4215	-1.3036	4.847	-0.5278	2.7332	-0.3686	-0.2992	-0.3162	0.0481	0.2731	0.5525	0.1291	-0.3829	0.0955	0.01	0.002	-0.0217	0.0174	-0.0553	-0.0254	-23.1192	63.1851	11.4293
7	0.8272	-0.2077	2.016	4.1636	0.0305	4.9836	0.1771	0.0557	0.5792	0.157	-0.2046	0.2409	-0.3101	-0.1951	0.0275	-0.0422	0.0307	0.0406	-0.1144	-0.0181	-0.054	11.6561	68.5768	1.0478
8	3.1394	-0.3766	0.6281	4.101	0.0619	2.018	-0.0689	0.1579	-0.0093	-0.0973	-0.0073	0.1804	0.0176	-0.0735	0.0762	-0.0759	-0.0068	-0.03	-0.0834	0.0135	-0.0621	14.5476	61.9583	-5.3815
9	6.8248	-2.0585	2.358	1.3498	-1.8453	2.8841	-0.3893	0.4457	-0.0333	-0.1771	0.4038	0.7183	-0.0767	-0.4044	-0.0145	0.1599	-0.0236	-0.0232	0.0587	0.0211	0.0343	8.798	71.8057	-11.2943
10	4.5399	-5.6743	11.0118	7.8176	-13.1197	27.2809	-1.3563	1.3791	-1.6178	0.7866	1.3881	1.4368	-2.1248	-1.5398	-0.0318	0.277	0.1639	-0.076	0.1867	-0.0386	0.2838	-19.3422	35.4048	-19.1818
11	5.0237	-0.2079	-5.5099	13.6212	-9.7677	13.3829	-0.2849	0.1859	-0.3553	-0.308	0.1848	-0.5633	0.3633	0.568	0.1001	0.0797	0.0532	-0.057	0.1537	-0.0934	0.0021	-10.2211	38.6245	-22.6327
12	5.0319	6.1469	3.3723	31.5967	-0.1748	3.0257	-0.9875	-0.4152	-0.9776	1.0145	0.023	0.3446	0.3707	0.6536	0.9645	0.1924	0.0933	-0.0138	0.1151	-0.0152	0.0906	-13.8409	62.0431	20.1226
13	26.8753	-3.9059	-21.9186	14.076	-10.2558	31.2507	0.1006	-0.9692	-0.3195	-0.2223	-1.0673	1.6558	0.2947	-0.051	0.9667	0.3447	-0.0179	-0.096	0.1709	0.0791	0.1222	-20.2948	68.6924	23.3915
14	9.119	7.4684	-4.4551	6.1259	-3.2725	17.4963	-0.8222	1.3334	-0.0663	-0.8432	0.9106	0.4892	-0.3961	1.239	-0.0884	0.1831	-0.022	-0.0146	0.156	0.1501	0.0753	18.5751	75.4964	-18.8187
15	10.674	5.8664	1.4379	5.5666	7.7742	21.016	-0.3688	0.8587	-0.2192	-0.0131	0.8281	1.2459	1.0464	-0.3936	-0.4593	0.1281	0.0251	-0.0895	0.1559	0.1059	0.2587	13.8649	68.0794	-23.5446

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 60	1 - 59
2	2	A	A	61 - 114	60 - 113
3	3	A	A	115 - 129	114 - 128
4	4	B	B	2 - 46	1 - 45
5	5	B	B	47 - 105	46 - 104
6	6	B	B	106 - 129	105 - 128
7	7	C	C	2 - 21	1 - 20
8	8	C	C	22 - 105	21 - 104
9	9	C	C	106 - 129	105 - 128
10	10	D	D	196 - 202	1 - 7
11	11	D	D	203 - 214	8 - 19
12	12	E	E	200 - 208	5 - 13
13	13	E	E	209 - 214	14 - 19
14	14	F	F	200 - 205	5 - 10
15	15	F	F	206 - 214	11 - 19

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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