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万見
- PDB-2pkn: Crystal structure of M tuberculosis Adenosine Kinase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkn
タイトルCrystal structure of M tuberculosis Adenosine Kinase complexed with AMP-PCP (non-hydrolyzable ATP analog)
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / adenosine kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / dGTP binding / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / リン酸化 / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Adenosine kinase / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: High resolution crystal structures of Mycobacterium tuberculosis adenosine kinase: insights into the mechanism and specificity of this novel prokaryotic enzyme
著者: Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月31日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1882
ポリマ－35,6831
非ポリマー5051
水4,954275
1
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子

A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3774
ポリマ－71,3662
非ポリマー1,0102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.050, 75.184, 52.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21A-360-

HOH

31A-373-

HOH

41A-553-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase /


分子量: 35683.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: adoK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P83734, UniProt: P9WID5*PLUS, adenosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, and 200 mM magnesium acetate tetrahydrate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: その他 / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月15日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→57.54 Å / Num. all: 25991 / Num. obs: 25991 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo MTB ADK

解像度: 1.9→57.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.016 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25781 1379 5 %RANDOM
Rwork0.20686 ---
obs0.2095 25991 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å20 Å2-1.11 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 31 275 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9673379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2185322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.08823.922102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87115375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.991515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3770.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.48651642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.36772526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3899965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.02411853
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 94 -
Rwork0.302 1940 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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