PDB-2pd6: Structure of human hydroxysteroid dehydrogenase type 8, HSD17B8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pd6

タイトル

Structure of human hydroxysteroid dehydrogenase type 8, HSD17B8

要素

Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

short-chain dehydrogenase/reductase /

steroid metabolism (ステロイド) /

lipid metabolism (脂質代謝) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

(3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / : / estrogen biosynthetic process /

3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) /

oxidoreductase complex / Fatty acyl-CoA biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity /

NADH binding / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Salah, E. / Gileadi, O. / Savitsky, P. / Guo, K. / Bunkoczi, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human hydroxysteroid dehydrogenase type 8, HSD17B8
著者: Turnbull, A.P. / Salah, E. / Gileadi, O. / Savitsky, P. / Guo, K. / Bunkoczi, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / ...

履歴

登録	2007年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pd6.cif.gz	183.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pd6.ent.gz	144.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1edoS 1q7bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sj7-1 3asv-2 1cyd-d 6t6n-3 6zzp-1 2ph3-1 3uf0-1 3uf0-3 2ztm-d 1q7b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8

B: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8

C: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8

D: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.839, 62.429, 102.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Estradiol 17-beta-dehydrogenase 8 / 17-beta-HSD 8 / 17- beta-hydroxysteroid dehydrogenase 8 / Protein Ke6 / Ke-6 分子量: 27466.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B8, FABGL, HKE6, RING2 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92506, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM sodium fluoride, 20% PEG3350, 10% ethylene glycol plus 5mM NAD+, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00234 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月22日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00234 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 54998 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.117
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.759 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Swissmodel based on pdb entries 1Q7B and 1EDO

1q7b

1edo

解像度: 2→46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.266 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22667	2937	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18394	-	-	-
all	0.18616	54998	-	-
obs	0.18616	54998	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.061 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6605	0	176	207	6988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.991	9415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3.003	10285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.641	5	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.96	24.932	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.584	15	981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.421	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	3431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.273	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.433	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.802	1.5	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.228	2	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.025	3	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.062	4.5	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	201	-
R_work	0.211	3823	-
obs	-	-	95.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9349	0.1689	-0.668	1.7596	-0.0665	1.3582	-0.0158	-0.0348	0.0443	0.0831	0.063	0.0463	0.021	0.0421	-0.0473	-0.0864	0.0351	-0.0209	-0.1885	-0.0341	-0.1442	3.5388	15.7509	47.1102
2	2.4002	-0.7954	0.2124	3.3671	-1.5343	4.4243	0.0223	0.2345	0.2025	-0.2	-0.0502	0.0991	-0.2272	-0.0309	0.0279	-0.082	-0.0008	0	-0.1956	-0.0288	-0.1248	-1.4405	10.796	35.1852
3	2.7995	0.3003	-0.7667	1.4571	0.4125	2.0321	-0.0809	0.1713	-0.2283	0.0012	-0.0117	0.0646	0.2515	-0.2966	0.0927	-0.0304	-0.0223	-0.0202	-0.0706	-0.0668	-0.1041	-6.7717	-7.5494	18.0771
4	2.6791	-0.9116	1.163	2.2695	-0.9413	3.292	0.0408	0.1768	-0.2584	0.0399	-0.05	-0.0251	0.2919	0.0864	0.0092	-0.0436	0.0086	0.0019	-0.1433	-0.0534	-0.0709	-0.5244	-2.6555	29.6385
5	2.5371	0.2765	-0.2988	1.3092	0.0781	1.1354	-0.1114	0.4003	-0.193	-0.2311	0.1718	-0.2048	0.0739	0.1117	-0.0604	-0.0165	0.0144	0.0146	0.0335	-0.1014	-0.0904	19.0059	-0.8263	3.7849
6	2.7229	-1.2495	0.3623	4.113	-0.807	1.9319	-0.0655	0.2708	0.0744	-0.0681	0.1001	0.0367	-0.087	0.1267	-0.0346	-0.0894	0.0121	-0.0089	-0.0011	-0.0189	-0.1285	20.3384	11.3258	11.4314
7	1.9393	0.0875	-0.779	0.7576	-0.2178	2.0846	0.0347	-0.0911	0.0763	0.0464	0.0874	-0.2389	-0.0411	0.5451	-0.1221	-0.1151	-0.0065	-0.037	0.075	-0.1006	-0.015	31.8879	18.8899	34.3952
8	2.5232	-0.8917	0.0591	4.7952	-0.6408	2.7173	0.018	-0.1234	-0.1948	0.2959	0.1182	-0.1323	0.3223	0.4825	-0.1362	-0.0784	0.0581	-0.0494	0.027	-0.0565	-0.072	28.2625	8.7155	26.3915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 55	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	68 - 187	64 - 183
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	188 - 259	184 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	9 - 55	5 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	67 - 183	63 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	184 - 260	180 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	12 - 55	8 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	68 - 187	64 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	188 - 260	184 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	7 - 55	3 - 51
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	68 - 183	64 - 179
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	184 - 260	180 - 256

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)