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- PDB-2p6p: X-ray crystal structure of C-C bond-forming dTDP-D-Olivose-transf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6p
タイトルX-ray crystal structure of C-C bond-forming dTDP-D-Olivose-transferase UrdGT2
要素Glycosyl transferaseグリコシルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / C-glycosyltransferase / dTDP-D-Olivose-transferase / polyketide aglycon / GT-B family / X-ray-diffraction / UrdamycinA-biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, N-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリコシルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces fradiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Mittler, M. / Bechthold, A. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and action of the C-C bond-forming glycosyltransferase UrdGT2 involved in the biosynthesis of the antibiotic urdamycin.
著者: Mittler, M. / Bechthold, A. / Schulz, G.E.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Author states that the sequence database reference that was used for this entry (UNP ...SEQUENCE Author states that the sequence database reference that was used for this entry (UNP Q9RPA7) does not match sequence. The DB ref was removed.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase
B: Glycosyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4639
ポリマ－82,8192
非ポリマー6457
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.872, 78.904, 133.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl transferase / グリコシルトランスフェラーゼ


分子量: 41409.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces fradiae (バクテリア)
株: Streptomyces fradiae Tue2717 / 遺伝子: urdGT2 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9RPA7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M HEPES,18% PEG 1500, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.1036
シンクロトロンSLS X06SA21.0377, 1.0398, 0.8551
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年2月25日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年2月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 double-crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10361
21.03771
31.03981
40.85511
反射解像度: 1.88→68.04 Å / Num. all: 57551 / Num. obs: 57345 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 6.4 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→68 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 15.7 / Num. unique all: 57346 / Rsym value: 6.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SLS-X06SAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.88→68.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.507 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22978 2868 5 %RANDOM
Rwork0.18823 ---
obs0.19028 54481 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→68.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5734 0 42 413 6189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.9718105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6045761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65122.114246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66415888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8971564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.53919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38326143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2732252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5314.51959
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 209 -
Rwork0.28 3962 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47960.0724-0.07651.2733-0.50671.33190.05640.0990.0026-0.0633-0.0821-0.1026-0.04880.04080.0257-0.1320.0217-0.0033-0.1636-0.0258-0.16841.02334.32158.34
21.4301-0.57040.03514.5905-0.95331.63180.0883-0.0940.41510.5551-0.087-0.0437-0.48180.0188-0.0013-0.0101-0.02040.0309-0.0671-0.0379-0.072122.66949.40863.477
31.256-0.7628-1.0881.89730.8062.9214-0.0121-0.28360.00740.22480.0351-0.0848-0.12110.1238-0.023-0.1042-0.0294-0.0057-0.083-0.0028-0.100224.84934.80295.757
43.2072-0.4180.97840.5721-0.29751.4502-0.0483-0.31410.27120.1445-0.0041-0.0485-0.1120.11970.0525-0.0633-0.00330.0079-0.0705-0.039-0.116546.6224.88291.919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1961 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2AA197 - 382197 - 382
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1961 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4BB197 - 383197 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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