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- PDB-2ot3: Crystal structure of rabex-5 VPS9 domain in complex with nucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ot3
タイトルCrystal structure of rabex-5 VPS9 domain in complex with nucleotide free RAB21
要素
  • Rab5 GDP/GTP exchange factor
  • Ras-related protein Rab-21
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rabex-5 / Vps9 Domain / Rab21 / vesicular traffic
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / Rab protein signal transduction / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / positive regulation of early endosome to late endosome transport ...dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / cytoplasmic side of early endosome membrane / Rab protein signal transduction / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of mast cell cytokine production / RAB geranylgeranylation / regulation of exocytosis / negative regulation of Ras protein signal transduction / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / vesicle membrane / anterograde axonal transport / regulation of axon extension / TBC/RABGAPs / protein targeting to membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / Golgi cisterna membrane / mast cell degranulation / 分裂溝 / negative regulation of interleukin-6 production / endocytic vesicle / 細胞内膜系 / axon cytoplasm / receptor-mediated endocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein phosphorylation / intracellular protein transport / ゴルジ体 / cytoplasmic side of plasma membrane / recycling endosome / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / GDP binding / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / early endosome membrane / Ras protein signal transduction / protein stabilization / エンドソーム / エンドソーム / ゴルジ体 / focal adhesion / GTPase activity / 樹状突起 / シナプス / GTP binding / endoplasmic reticulum membrane / 核小体 / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Rab21 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. ...Rab21 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / small GTPase Rab1 family profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab5 GDP/GTP exchange factor / Ras-related protein Rab-21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Delprato, A. / Lambright, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for Rab GTPase activation by VPS9 domain exchange factors.
著者: Delprato, A. / Lambright, D.G.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE The protein sequence matches to isoform 2 of the UNP reference

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5 GDP/GTP exchange factor
B: Ras-related protein Rab-21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4182
ポリマ－51,4182
非ポリマー00
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.897, 113.400, 60.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Rab5 GDP/GTP exchange factor / Rabex-5 / Rabaptin-5-associated exchange factor for Rab5 / RAP1


分子量: 32082.791 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 132-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGEF1, RABEX5 / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJ41
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-21


分子量: 19335.209 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 16-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB21, KIAA0118 / プラスミド: PGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UL25
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG 6000, 0.2M MgCl2, 0.05 NaMES Microseeded, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
詳細: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
放射モノクロメーター: SI(11) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 40412 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 7.5 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 40412 / Rsym value: 38.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z0I, 1TXU

1z0i

1txu


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.642 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24272 1500 5.1 %RANDOM
Rwork0.18821 ---
obs0.19099 28020 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 0 463 3642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9654372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.245407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85624.412136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6215572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8291517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.52105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48623277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99431285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2114.51095
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 93 -
Rwork0.208 2022 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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