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- PDB-2ot1: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ot1
タイトルFructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex with naphthol AS-E phosphate, a competitive inhibitor
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードLYASE (リアーゼ) / glycolysis (解糖系) / competitive inhibition (競合阻害) / hydrophobic pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N3P / Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者St-Jean, M. / Izard, T. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: A hydrophobic pocket in the active site of glycolytic aldolase mediates interactions with wiskott-Aldrich syndrome protein.
著者: St-Jean, M. / Izard, T. / Sygusch, J.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
C: Fructose-bisphosphate aldolase A
D: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,5668
ポリマ－157,0554
非ポリマー1,5114
水33,5621863
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13580 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area48740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.780, 103.445, 83.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the homotetramer found in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase A / Muscle-type aldolase


分子量: 39263.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALDOA / プラスミド: pPB14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 SI / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-N3P / N-(4-CHLOROPHENYL)-3-(PHOSPHONOOXY)NAPHTHALENE-2-CARBOXAMIDE / N-(4-クロロフェニル)-3-(ホスホノオキシ)ナフタレン-2-カルボアミド


分子量: 377.716 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13ClNO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 85601 / Num. obs: 85601 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.14 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 8047 / Rsym value: 0.162 / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZAH

1zah


解像度: 2.05→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 8166 -random
Rwork0.149 ---
all-85601 --
obs-81422 91.1 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.478 Å20 Å22.875 Å2
2---5.515 Å20 Å2
3----0.963 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10764 0 100 1863 12727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.14 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 707 -
Rwork0.169 --
obs-7016 62.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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