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万見
- PDB-2or2: Structure of the W47A/W242A Mutant of Bacterial Phosphatidylinosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2or2
タイトルStructure of the W47A/W242A Mutant of Bacterial Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C
要素1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
キーワードLYASE (リアーゼ) / phosphatidylinositol-specific phospholipase C / PI-PLC / Dimer / interfacially impaired / membrane binding / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスファチジルイノシトールジアシルグリセロールリアーゼ / phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase activity / phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Shao, C. / Shi, X. / Wehbi, H. / Zambonelli, C. / Head, J.F. / Seaton, B.A. / Roberts, M.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Dimer structure of an interfacially impaired phosphatidylinositol-specific phospholipase C.
著者: Shao, C. / Shi, X. / Wehbi, H. / Zambonelli, C. / Head, J.F. / Seaton, B.A. / Roberts, M.F.
履歴
登録2007年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
B: 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1222
ポリマ－68,1222
非ポリマー00
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.424, 70.028, 154.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a dimer. There are two monomers in the asymmetric unit. The two monomers follow a pseudo 2-fold symmetry

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase / Phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C / PI-PLC


分子量: 34060.996 Da / 分子数: 2 / 変異: W47A, W242A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08954, ホスファチジルイノシトールジアシルグリセロールリアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, 16% PEG400, pH 5.4, vapor diffusion, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 60615 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.152 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.84-1.882.30.15836461.43990.6
1.88-1.932.90.15138981.45996.7
1.93-1.983.30.1338951.42996.9
1.98-2.044.50.12340321.43199.7
2.04-2.114.70.10240201.43699.7
2.11-2.184.80.08840281.38499.6
2.18-2.274.90.07740661.31199.7
2.27-2.374.70.06640191.25399.6
2.37-2.54.80.05840881.18599.9
2.5-2.654.80.04940611.113100
2.65-2.864.80.04240781.039100
2.86-3.154.80.03641090.95100
3.15-3.64.80.03141410.824100
3.6-4.544.70.02941850.73499.9
4.54-504.40.0343490.80899.3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.52 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.356
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 4788 7.8 %
Rwork0.186 --
obs-58605 95.6 %
溶媒の処理Bsol: 42.412 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.306 Å20 Å20 Å2
2--0.732 Å20 Å2
3---7.573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4806 0 0 576 5382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9372
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8842.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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