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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ogx | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the molybdenum storage protein from Azotobacter vinelandii loaded with polyoxotungstates (WSto) | ||||||
要素 | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / open alpha/beta structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schemberg, J. / Warkentin, E. / Ermler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2007 タイトル: Towards Biological Supramolecular Chemistry: A Variety of Pocket-Templated, Individual Metal Oxide Cluster Nucleations in the Cavity of a Mo/W-Storage Protein. 著者: Schemberg, J. / Schneider, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Muller, A. / Ermler, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ogx.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ogx.ent.gz | 95.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ogx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a heterohexamer, (AB)3, generated from the heterodimer AB by the three fold axis: -y+1, x-y, z, and y-x+1, -x+1, z, respectively. |
-要素
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29564.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DSMZ 366 / 参照: UniProt: P84308 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28707.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DSMZ 366 / 参照: UniProt: P84253 |
-非ポリマー , 6種, 419分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-WO3 / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-W / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M MOPS, 0.05M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 107052 / Num. obs: 107052 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 6.5 / Net I/σ(I): 10.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0→0 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 5.15 / % possible all: 82.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.603→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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