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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2odw | ||||||
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タイトル | MSrecA-ATP-GAMA-S complex | ||||||
要素 | Protein recA | ||||||
キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / DNA-REPAIR / SOS RESPONCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Krishna, R. / Rajan Prabu, J. / Manjunath, G.P. / Datta, S. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Snapshots of RecA protein involving movement of the C-domain and different conformations of the DNA-binding loops: crystallographic and comparative analysis of 11 structures of Mycobacterium smegmatis RecA 著者: Krishna, R. / Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Datta, S. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF(4): implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium smegmatis RecA and its nucleotide complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery 著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2odw.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2odw.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2odw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37344.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) プラスミド: PTHIOA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JC10289 / 参照: UniProt: Q59560, EC: 3.4.99.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-AGS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Citrate Phosphate, PEG 4000, NACL, Sodium citrate, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→25.8 Å / Num. obs: 6712 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UBC 解像度: 3.3→25.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 145049.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.3942 Å2 / ksol: 0.206769 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→25.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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