+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o5b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Manganese horse heart myoglobin, reduced | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Horse heart / manganese myoglobin / reduced form / manganese protoporphyrin IX / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / 血液 / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Richter-Addo, G.B. / Zahran, Z.N. / Chooback, L. / Copeland, D.M. / West, A.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of manganese- and cobalt-substituted myoglobin in complex with NO and nitrite reveal unusual ligand conformations. 著者: Zahran, Z.N. / Chooback, L. / Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o5b.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2o5b.ent.gz | 32.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o5b | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: Heart心臓 / 参照: UniProt: P68082 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MNH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→26.89 Å / Num. obs: 8510 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.749 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.195 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|