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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nzd | ||||||
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タイトル | Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / histone (ヒストン) / DNA stretching / DNA kinking / double-helix / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Ong, M.S. / Richmond, T.J. / Davey, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: DNA stretching and extreme kinking in the nucleosome core 著者: Ong, M.S. / Richmond, T.J. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nzd.cif.gz | 325.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nzd.ent.gz | 245.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1kx3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 44749.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 44740.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 288992, UniProt: P84233*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #5: タンパク質 | 分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #6: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-非ポリマー , 2種, 133分子
#7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月5日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50.7 Å / Num. all: 61751 / Num. obs: 56193 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured all: 27467 / Num. unique all: 5579 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 63.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1KX3 解像度: 2.65→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 11.836 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.887 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.218 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
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