+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nse | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE SUBSTRATE COMPLEX | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | COMPLEX (OXIDOREDUCTASE/PEPTIDE) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / ARGININE (アルギニン) / HEME PROTEIN / TETRAHYDROBIOPTERIN (テトラヒドロビオプテリン) / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE) / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / calmodulin binding / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of constitutive endothelial nitric oxide synthase: a paradigm for pterin function involving a novel metal center. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #2: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nse.cif.gz | 188.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2nse.ent.gz | 147.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nse | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.283947, -0.941706, 0.180452), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
---|
-非ポリマー , 7種, 271分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
非ポリマーの詳細 | ARG C 700 AND ARG D 700 ARE SUBSTRATES |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.9801 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→30 Å / Num. obs: 40100 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 79.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 131275 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 解像度: 2.34→30 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 詳細: NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED AT THE EARLY STAGE OF REFINEMENT. SEPARATE PARAMETER FILES WERE USED FOR ARG 700 TO DEFINE THE CARBOXYLIC GROUP INSTEAD OF THE CARBONYL GROUP.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.34→2.45 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|