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万見
- PDB-2mgv: NMR structure of PASTA domain of PonA2 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mgv
タイトルNMR structure of PASTA domain of PonA2 from Mycobacterium tuberculosis
要素Bifunctional membrane-associated penicillin-binding protein 1A/1B ponA2
キーワードPENICILLIN BINDING PROTEIN / PASTA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / パスタ / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / グリコシルトランスフェラーゼ / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Penicillin-binding protein, transpeptidase ...Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / パスタ / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / グリコシルトランスフェラーゼ / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-insensitive transglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Calvanese, L. / Falcigno, L. / Maglione, C. / Marasco, D. / Ruggiero, A. / Squeglia, F. / Berisio, R. / D'Auria, G.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2014
タイトル: Structural and binding properties of the PASTA domain of PonA2, a key penicillin binding protein from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Calvanese, L. / Falcigno, L. / Maglione, C. / Marasco, D. / Ruggiero, A. / Squeglia, F. / Berisio, R. / D'Auria, G.
履歴
登録2013年11月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional membrane-associated penicillin-binding protein 1A/1B ponA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5781
ポリマ－6,5781
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional membrane-associated penicillin-binding protein 1A/1B ponA2


分子量: 6578.211 Da / 分子数: 1 / 断片: PASTA domain (UNP residues 700-764) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: RVBD_3682 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YGX2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N TOCSY
1323D 1H-15N NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H NOESY
1612D DQF-COSY
1733D HNCO
1833D HN(CA)CB
1933D (H)CCH-TOCSY
11033D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5-1.6 mM PonA2-PASTA, 10% D2O, 30 mM sodium phosphate, 0.02% sodium azide, 90% phosphate buffer/10% D2O90% phosphate buffer/10% D2O
21.8-1.9 mM [U-100% 15N] PonA2-PASTA, 10% D2O, 30 mM sodium phosphate, 0.02% sodium azide, 90% phosphate buffer/10% D2O90% phosphate buffer/10% D2O
31.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PonA2-PASTA, 10% D2O, 30 mM sodium phosphate, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMPonA2-PASTA-11.5-1.61
10 %D2O-21
30 mMsodium phosphate-31
0.02 %sodium azide-41
mMPonA2-PASTA-5[U-100% 15N]1.8-1.92
10 %D2O-62
30 mMsodium phosphate-72
0.02 %sodium azide-82
1.3 mMPonA2-PASTA-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 %D2O-103
30 mMsodium phosphate-113
0.02 %sodium azide-123
試料状態pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.9.0 Beta 3(CARA) Rochus Keller and otherschemical shift assignment
CARA1.9.0 Beta 3(CARA) Rochus Keller and otherspeak picking
CARA1.9.0 Beta 3(CARA) Rochus Keller and othersデータ解析
Sparky3Goddard解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurstructure validation
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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