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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mgk | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURES OF FIVE DISTAL HISTIDINE MUTANTS OF SPERM WHALE MYOGLOBIN | ||||||
要素 | MYOGLOBINミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / carbon monoxide (一酸化炭素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Quillin, M.L. / Arduini, R.M. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: High-resolution crystal structures of distal histidine mutants of sperm whale myoglobin. 著者: Quillin, M.L. / Arduini, R.M. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of Myoglobin from a Synthetic Gene 著者: Phillips Jr., G.N. / Arduini, R.M. / Springer, B.A. / Sligar, S.G. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: High-Level Expression of Sperm Whale Myoglobin in Escherichia Coli 著者: Springer, B.A. / Sligar, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mgk.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mgk.ent.gz | 33 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/2mgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1mobC 1mocC 1modC 2mgaC 2mgbC 2mgcC 2mgdC 2mgeC 2mgfC 2mggC 2mghC 2mgiC 2mgjC 2mglC 2mgmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: SYNTHETIC GENE / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 9 / 手法: batch method / 詳細: micro seeding | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→5 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.146 / Rfactor Rwork: 0.146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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