[日本語] English
- PDB-2lyd: The solution structure of the Dm DCP1 EVH1 domain in complex with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lyd
タイトルThe solution structure of the Dm DCP1 EVH1 domain in complex with the XRN1 DBM peptide
要素
  • Decapping protein 1
  • Pacman protein
キーワードTRANSCRIPTION/PROTEIN BINDING / DCP1 / XRN1 / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing => GO:0035194 / positive regulation of imaginal disc growth / imaginal disc fusion, thorax closure / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / : / pole plasm / dorsal closure ...Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing => GO:0035194 / positive regulation of imaginal disc growth / imaginal disc fusion, thorax closure / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / : / pole plasm / dorsal closure / pole plasm oskar mRNA localization / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / neuronal ribonucleoprotein granule / imaginal disc-derived wing morphogenesis / positive regulation of mRNA catabolic process / 5'-3' RNA exonuclease activity / messenger ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / rRNA catabolic process / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / P granule / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mRNA catabolic process / enzyme activator activity / P-body / wound healing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 精子形成 / negative regulation of gene expression / mRNA binding / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / 細胞核 / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
5-3 exonuclease XRN1, DCP1-binding motif / 5-3 exonuclease XRN1 DCP1-binding motif / mRNA-decapping enzyme, C-terminal / : / : / mRNA-decapping enzyme C-terminus / 5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain ...5-3 exonuclease XRN1, DCP1-binding motif / 5-3 exonuclease XRN1 DCP1-binding motif / mRNA-decapping enzyme, C-terminal / : / : / mRNA-decapping enzyme C-terminus / 5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain / Xrn1 SH3-like domain / Exoribonuclease Xrn1 D1 domain / Exoribonuclease Xrn1 D2/D3 domain / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-3' exoribonuclease 1 / Decapping protein 1, isoform A / 5'-3' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Truffault, V.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2012
タイトル: A direct interaction between DCP1 and XRN1 couples mRNA decapping to 5' exonucleolytic degradation.
著者: Braun, J.E. / Truffault, V. / Boland, A. / Huntzinger, E. / Chang, C.T. / Haas, G. / Weichenrieder, O. / Coles, M. / Izaurralde, E.
履歴
登録2012年9月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32012年12月19日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Decapping protein 1
B: Pacman protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8302
ポリマ-19,8302
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Decapping protein 1 /


分子量: 15474.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dcp1, CG11183, Dmel_CG11183 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W1H5
#2: タンパク質・ペプチド Pacman protein


分子量: 4355.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pcm, pacman, CG3291 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XZU2, UniProt: E1JJR3*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D C(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1613D HNHA
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHB
1912D NOESYnoN
11012D PLUSH-TACSY
11113D NNH NOESY
11213D CNH NOESY
11313D CCH NOESY
11414D CCANH

-
試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.4 mM [U-100% 15N] protein_2, 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
0.7 mMentity_1-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.4 mMentity_2-3[U-100% 15N]1
0.7 mMentity_2-4[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7.1 / : ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance6001
Bruker AvanceBrukerAvance8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
SPARKYGoddardchemical shift assignment
XPLORBrunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 690 / NOE intraresidue total count: 131 / NOE long range total count: 210 / NOE medium range total count: 52 / NOE sequential total count: 268
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る