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- PDB-2jm5: Solution Structure of the RGS domain from human RGS18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jm5
タイトルSolution Structure of the RGS domain from human RGS18
要素Regulator of G-protein signaling 18
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain ...Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Higman, V.A. / Leidert, M. / Bray, J. / Elkins, J. / Soundararajan, M. / Doyle, D.A. / Gileadi, C. / Phillips, C. / Schoch, G. / Yang, X. ...Higman, V.A. / Leidert, M. / Bray, J. / Elkins, J. / Soundararajan, M. / Doyle, D.A. / Gileadi, C. / Phillips, C. / Schoch, G. / Yang, X. / Brockmann, C. / Schmieder, P. / Diehl, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oschkinat, H. / Ball, L.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2006年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
置き換え2012年6月20日ID: 2H33
改定 1.32012年6月20日Group: Other
改定 1.42012年8月15日Group: Other
改定 1.52020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of G-protein signaling 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7861
ポリマ－17,7861
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 18 / RGS18


分子量: 17786.023 Da / 分子数: 1 / 断片: RGS domain, residues 75-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: BL21 (DE3) strain enriched with genes that encode rare tRNAs
遺伝子: RGS18, RGS13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) - Rosetta / 参照: UniProt: Q9NS28

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D CBCA(CO)NNH
1423D CBCACONNH
1523D HN(CA)CO
1623D H(CCO)NNH
1723D HBHA(CO)NNH
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D (H)CCH-COSY
11013D 1H-15N NOESY HSQC
11123D 1H-13C NOESY HSQC
11233D 1H-13C HMQC NOESY
11332D 1H-13C HSQC
11432D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-95% 15N] RGS18, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 % D2O, 1 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide90% H2O/10% D2O
21 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] RGS18, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 % D2O, 1 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide90% H2O/10% D2O
31 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] RGS18, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100 % D2O, 1 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRGS18[U-95% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
10 %D2O1
1 mMDTT[U-99% 2H]1
0.02 %sodium azide1
1 mMRGS18[U-95% 13C; U-95% 15N]2
20 mMpotassium phosphate2
50 mMsodium chloride2
10 %D2O2
1 mMDTT[U-99% 2H]2
0.02 %sodium azide2
1 mMRGS18[U-95% 13C; U-95% 15N]3
20 mMpotassium phosphate3
50 mMsodium chloride3
100 %D2O3
1 mMDTT[U-99% 2H]3
0.02 %sodium azide3
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6 and 3.1Bruker Biospincollection
XwinNMR2.6 and 3.1Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis1.0.9-10Vranken,Boucher,Stevens,Fogh,Pajon,Llinas,Ulrich,Markley,Ionides,Laue解析
CcpNmr Analysis1.0.9-10Vranken,Boucher,Stevens,Fogh,Pajon,Llinas,Ulrich,Markley,Ionides,Laueデータ解析
CYANA2Guntert,Mumenthaler,Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters,Kuszewski,Tjandra,Clore構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters,Kuszewski,Tjandra,Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE ASSIGNMENT WITH CYANA, REFINEMENT BY SIMULATED ANNEALING IN XPLOR-NIH USING NOE RESTRAINTS AND H-BOND RESTRAINTS FROM H/D EXCHANGE DATA. WATER-REFINEMENT BY MOLECULAR DYNAMICS IN XPLOR- ...詳細: NOE ASSIGNMENT WITH CYANA, REFINEMENT BY SIMULATED ANNEALING IN XPLOR-NIH USING NOE RESTRAINTS AND H-BOND RESTRAINTS FROM H/D EXCHANGE DATA. WATER-REFINEMENT BY MOLECULAR DYNAMICS IN XPLOR-NIH. THE C-TERMINAL TAIL HAS BEEN TRUNCATED PAST RESIDUE 134 BECAUSE OF FLEXIBILITY AND LACK OF STRUCTURE IN THIS REGION. THIS IS INDICATED (A) BY A LACK OF NOE RESTRAINTS PAST RESIDUE 132 AND (B) BY 15N T1, T2 AND HETERONCULEAR NOE EXPERIMENTS RESIDUE 131 ONWARDS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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