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- PDB-2jg3: MtaqI with BAZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jg3
タイトルMtaqI with BAZ
要素
  • 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'
  • MODIFICATION METHYLASE TAQI
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / DNA (デオキシリボ核酸) / TRANSFERASE (転移酵素) / BASE FLIPPING / RESTRICTION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Eco57I restriction-modification methylase / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site ...Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Eco57I restriction-modification methylase / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BA2 / : / デオキシリボ核酸 / Type II methyltransferase M.TaqI
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS AQUATICUS (サーマス・アクアティカス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pljevaljcic, G. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: Quantitative Labeling of Long Plasmid DNA with Nanometer Precision.
著者: Pljevaljcic, G. / Schmidt, F. / Scheidig, A.J. / Lurz, R. / Weinhold, E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the N6-Adenine DNA Methyltransferase M.TaqI in Complex with DNA and a Cofactor Analog
著者: Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_entity_src_syn / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFICATION METHYLASE TAQI
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'
D: MODIFICATION METHYLASE TAQI
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,54412
ポリマ－108,0686
非ポリマー1,4766
水12,250680
1
A: MODIFICATION METHYLASE TAQI
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8647
ポリマ－54,0343
非ポリマー8304
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-17.2 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
2
D: MODIFICATION METHYLASE TAQI
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6805
ポリマ－54,0343
非ポリマー6462
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-16.4 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.404, 69.193, 114.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 MODIFICATION METHYLASE TAQI / ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE TAQI / M TAQI


分子量: 47931.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE TAQI, M. TAQI
由来: (組換発現) THERMUS AQUATICUS (サーマス・アクアティカス)
株: YT1 / プラスミド: PA1/MTAQ-A49A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: P14385, Damメチラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*CP)-3'


分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*6MAP*AP*CP)-3'


分子量: 3052.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 686分子

#4: 化合物 ChemComp-BA2 / 5'-DEOXY-5'-(ETHYLAMINO)-8-{[4-({5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXOHEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL]PENTANOYL}AMINO)BUTYL]AMINO}ADENOSINE


分子量: 606.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42N10O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 3 MICROLITERS CRYSTALLIZATION BUFFER (10 MM TRIS/HCL, 300 MM NACL, PH 7.3) CONTAINING THE COMPLEX PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION (100 MM KCL, 100 MM MGCL2, 6% ISOPROPANOL, 50 MM SODIUM ...詳細: 3 MICROLITERS CRYSTALLIZATION BUFFER (10 MM TRIS/HCL, 300 MM NACL, PH 7.3) CONTAINING THE COMPLEX PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION (100 MM KCL, 100 MM MGCL2, 6% ISOPROPANOL, 50 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日 / 詳細: ID14-1 (MIRROR)
放射モノクロメーター: ID14-1 (MIRROR) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.79 Å / Num. obs: 72769 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.522 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.88 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MARデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G38

1g38


解像度: 1.9→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.695 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS (LINKER AND BIOTIN) WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3638 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 69128 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å2-0.44 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6342 810 63 680 7895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6992.1110382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3125780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9522.203295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.024151069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3791553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2160.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.23223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.53912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09426319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84433679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7684.54063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 256
Rwork0.262 4854
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57270.0216-0.19580.2376-0.18150.72670.023-0.04390.00920.0288-0.03010.018-0.02650.06580.0071-0.0315-0.0218-0.0044-0.05850.007-0.03610.4867-0.256511.8255
20.8370.16650.53150.30060.17850.9475-0.0624-0.08030.03760.00590.02450.0193-0.0058-0.11050.0379-0.05090.01050.0036-0.0542-0.0074-0.028824.42140.786569.6832
30.539-0.3217-0.14610.20120.00380.79160.08780.0399-0.06750.0471-0.13110.23380.0249-0.02490.04330.015-0.0039-0.0005-0.03540.00410.0086-2.4874-4.74822.1491
40.35660.3259-0.09720.32540.050.72790.08310.0416-0.0415-0.1179-0.08040.00520.0712-0.0723-0.00270.0076-0.01250.0002-0.03820.0060.0111-0.9839-5.9732-0.5665
50.4719-0.8373-0.06151.5305-0.04830.56040.0035-0.0390.2515-0.1631-0.13570.0866-0.05580.01170.13220.024-0.0146-0.026-0.03250.0185-0.00227.64263.741959.5177
60.56350.11540.47363.3276-0.7320.8681-0.00730.15990.11690.0665-0.02070.3319-0.10960.08940.0280.005-0.0306-0.0022-0.06180.01790.004726.11854.391156.7644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 413
2X-RAY DIFFRACTION2D23 - 413
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4C11 - 20
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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