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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ja6 | |||||||||
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タイトル | CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex B | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (ポリメラーゼ) / LESION RECOGNITION / TRANSFERASE/DNA/RNA / DNA DAMAGE (DNA修復) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / DNA-BINDING / PHOTOLESION / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / MISINCORPORATION / RNA POLYMERASE II (RNAポリメラーゼII) / TRANSCRIPTION- COUPLED REPAIR / TCR / CPD / ZINC (亜鉛) / ARREST (逮捕) / STALLING / DNA LESION (DNA修復) / METAL-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION BUBBLE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DAMAGE RECOGNITION / ELONGATION COMPLEX / THYMINE DIMER / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CYCLOBUTANE PYRIMIDINE DIMER | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Brueckner, F. / Hennecke, U. / Carell, T. / Cramer, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2007 タイトル: CPD damage recognition by transcribing RNA polymerase II. 著者: Brueckner, F. / Hennecke, U. / Carell, T. / Cramer, P. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 5-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ja6.cif.gz | 831.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ja6.ent.gz | 653.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ja6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2ja6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2ja6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P16370, ポリメラーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P20433, ポリメラーゼ |
#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P34087, ポリメラーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P27999, ポリメラーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P38902, ポリメラーゼ |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III ... , 4種, 4分子 EFHL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P20434, ポリメラーゼ |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P20435, ポリメラーゼ |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P20436, ポリメラーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P40422, ポリメラーゼ |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#13: DNA鎖 | 分子量: 4294.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 7934.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 JP
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P22139, ポリメラーゼ |
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#14: RNA鎖 | 分子量: 3506.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#16: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#17: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | TT: THYMINE-THYMINE CYCLOBUTAN |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.18 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.919 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→50 Å / Num. obs: 104987 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1Y1W 解像度: 4→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | Bsol: 133.7 Å2 / ksol: 0.424048 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→50 Å
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拘束条件 |
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