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万見
- PDB-2j8o: Structure of the immunoglobulin tandem repeat of titin A168-A169 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j8o
タイトルStructure of the immunoglobulin tandem repeat of titin A168-A169
要素TITINチチン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / CARDIOMYOPATHY (心筋症) / NUCLEAR PROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / DISEASE MUTATION / TITIN (チチン) / A-BAND / KINASE (キナーゼ) / WD REPEAT (WD40リピート) / TPR REPEAT / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / IMMUNOGLOBULIN LIKE DOMAIN / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / TRANSFERASE (転移酵素) / KELCH REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / Striated Muscle Contraction ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / Striated Muscle Contraction / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle hypertrophy / M band / actinin binding / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / protein kinase A signaling / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Mueller, S. / Lange, S. / Kursula, I. / Gautel, M. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Rigid Conformation of an Immunoglobulin Domain Tandem Repeat in the A-Band of the Elastic Muscle Protein Titin
著者: Mueller, S. / Lange, S. / Gautel, M. / Wilmanns, M.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TITIN
B: TITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7164
ポリマ－43,5322
非ポリマー1842
水82946
1
A: TITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8582
ポリマ－21,7661
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: TITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8582
ポリマ－21,7661
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.560, 122.487, 98.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEALAALAAA5 - 907 - 92
21PHEPHEALAALABB5 - 907 - 92
12ILEILEGLUGLUAA100 - 190102 - 192
22ILEILEGLUGLUBB100 - 190102 - 192

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9905, 0.1369, -0.01166), (0.137, 0.9906, -0.005752), (0.01076, -0.007295, -0.9999)
ベクター: 139.3, -9.267, 52.97)

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要素

#1: タンパク質 TITIN / チチン / CONNECTIN


分子量: 21765.820 Da / 分子数: 2 / 断片: IG LIKE DOMAIN, RESIDUES 24430-24623 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 器官: HEART心臓 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINUS CHANGED FROM Q (ORIGINAL) TO GAMA DUE TO CLONING. CARDIAC TITIN IS Q8WZ42 ISOFORM 3.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULFATE, BICINE, pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.803
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→25 Å / Num. obs: 20714 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 43.1
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J8H

2j8h


解像度: 2.49→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 25.481 / SU ML: 0.274 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1065 5.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.252 19645 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å20 Å2
2--4.1 Å20 Å2
3----1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 12 46 3105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9524226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3775388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11124.245139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.2515535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7631518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.21239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.561.51982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91923135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41231280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.24.51091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1344medium positional0.220.5
2364medium positional0.290.5
1336loose positional0.655
2347loose positional0.765
1344medium thermal0.72
2364medium thermal1.162
1336loose thermal1.7810
2347loose thermal1.7710
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 91 -
Rwork0.344 1400 -
obs--97.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7351-0.1119-0.43854.7821.54954.3002-0.06870.15680.0383-0.0083-0.17250.2557-0.2169-0.15930.2412-0.1026-0.00830.0713-0.16-0.1487-0.001562.61547.49241.092
24.51820.4453-0.62574.25332.335210.14670.00190.98930.4985-0.2915-0.1411-0.1474-0.722-1.25580.1392-0.22830.2633-0.08590.63210.0188-0.387160.13637.9940.752
34.9975-0.28050.91235.78020.818113.3587-0.09040.84550.7728-0.2904-0.1743-0.2356-1.57171.00590.2646-0.0012-0.068-0.0060.17720.2682-0.057883.37545.8212.42
47.071-0.69610.19986.9159-0.58116.2629-0.1385-1.04810.23550.59810.151-0.2384-0.20280.2008-0.0125-0.23080.0317-0.0495-0.0616-0.0485-0.165784.5336.07653.199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4B96 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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