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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iqt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Fructose-Bisphosphate Aldolase, Class I from Porphyromonas gingivalis | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase class 1 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / TIM berrel / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Fructose-Bisphosphate Aldolase, Class I from Porphyromonas gingivalis 著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iqt.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iqt.ent.gz | 59.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33956.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: W83 / 遺伝子: fbaB / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P60053, fructose-bisphosphate aldolase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2 M Ammonium citrate tribasic, 100 mM BTP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97869 |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→38.89 Å / Num. all: 16237 / Num. obs: 16237 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1602 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→38.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 14.105 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.452 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→38.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.457→2.521 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.4417 Å / Origin y: 31.1258 Å / Origin z: 61.6001 Å
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