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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ipj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of h3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 3 mutant Y24A in complex with NADP+ and epi-testosterone | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 3a-HSD / AKR1C21 / AKR / aldo-keto reductase / HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / open conformation / epi-testosterone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 インダノールデヒドロゲナーゼ / Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity ...インダノールデヒドロゲナーゼ / Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / indanol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / carboxylic acid binding / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / 酸化還元酵素 / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / prostaglandin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / 消化 / epithelial cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (AKR1C21) Binds Steroids Differently from other Aldo-keto Reductases: Identification and Characterization of Amino Acid Residues Critical for Substrate Binding. 著者: Faucher, F. / Cantin, L. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Lemieux, M. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ipj.cif.gz | 162.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ipj.ent.gz | 127.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ipj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ipj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ipj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36447.891 Da / 分子数: 2 / 変異: Y24A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C2 / プラスミド: pGEX1lT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys 参照: UniProt: P52895, 酸化還元酵素, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ, EC: 1.1.1.213 |
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-非ポリマー , 6種, 630分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG-4000 22%, 0.1M NaCitrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日 | |||||||||||||||
放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→19.98 Å / Num. all: 75962 / Num. obs: 75736 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.947 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 18.29 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. measured obs: 82991 / Num. unique all: 11281 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HDJ 解像度: 1.8→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / FOM work R set: 0.846 / Data cutoff high absF: 8881042 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.737 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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