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- PDB-2ij9: Crystal Structure of Uridylate Kinase from Archaeoglobus Fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ij9
タイトルCrystal Structure of Uridylate Kinase from Archaeoglobus Fulgidus
要素Uridylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, archaeal/spirochete, putative / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Chen, R. / Keefe, L.J. / Sauder, J.M. / Dickey, M. / Adams, J.M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Uridylate Kinase from Archaeoglobus Fulgidus
著者: Patskovsky, Y. / Chen, R. / Keefe, L.J. / Sauder, J.M. / Dickey, M. / Adams, J.M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9024
ポリマ－46,7102
非ポリマー1922
水0
1
A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
ヘテロ分子

A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8048
ポリマ－93,4204
非ポリマー3844
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)94.277, 94.277, 186.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTYRTYRAA1 - 1421 - 142
21METMETTYRTYRBB1 - 1421 - 142
32VALVALSERSERAA153 - 168153 - 168
42VALVALSERSERBB153 - 168153 - 168
53VALVALALAALAAA179 - 219179 - 219
63VALVALALAALABB179 - 219179 - 219

-
要素

#1: タンパク質 Uridylate kinase / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase / putative dehydratase protein


分子量: 23354.996 Da / 分子数: 2 / 変異: R51S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
株: DSM 4304 / 遺伝子: pyrH, AF_2042 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O28237, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.55 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100MM SODIUM CITRATE, PH 4.5, 3.5M AMMONIUM SULFATE, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 23600 / Num. obs: 23600 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 1438 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 54.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BRX

2brx


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 19.287 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.69 / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33021 595 3.2 %RANDOM
Rwork0.2828 ---
obs0.28428 17774 95.09 %-
all-17774 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å20 Å20 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----5.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 10 0 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9834418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8975426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07324.828116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.46515594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1321516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.31760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.52282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.372
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.5641.52176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.3223434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it17.96331192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it24.8234.5984
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1502 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal2.263
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 54 -
Rwork0.378 1127 -
obs-1181 86.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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