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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2idc | ||||||
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タイトル | Structure of the Histone H3-Asf1 Chaperone Interaction | ||||||
要素 | ANTI-SILENCING PROTEIN 1 AND HISTONE H3 CHIMERA | ||||||
キーワード | Replication/Chaperone / Ig-like fold (免疫グロブリンスーパーファミリー) / Asf1 / H3 / histone (ヒストン) / chaperone (シャペロン) / chromatin (クロマチン) / Replication-Chaperone COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / : / H3 histone acetyltransferase complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / : ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / : / H3 histone acetyltransferase complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / : / replication fork protection complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / rRNA transcription / negative regulation of DNA damage checkpoint / regulation of DNA repair / CENP-A containing nucleosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of protein phosphorylation / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / chromatin organization / histone binding / 遺伝子発現の調節 / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Antczak, A.J. / Tsubota, T. / Kaufman, P.D. / Berger, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure of the yeast histone H3-ASF1 interaction: implications for chaperone mechanism, species-specific interactions, and epigenetics. 著者: Antczak, A.J. / Tsubota, T. / Kaufman, P.D. / Berger, J.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The yeast ASF1 gene was genetically modified in a pET28b (novagen) derivative plasmid that ...SEQUENCE The yeast ASF1 gene was genetically modified in a pET28b (novagen) derivative plasmid that contains a hepta-his tag, Maltose Binding Protein tag, and is tethered to Asf1 via a TEV protease cleavable linker. Ala A 1 is therefore a reminant of the TEV cleavage reaction. Ala A 156 and Ala A 157 are part of an Ala/Gly/Thr linker which connects Asf1 and H3, however, no density was seen for the other six residues in this linker region. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2idc.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2idc.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2idc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rocS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20084.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Asf1, residues 2-155 and H3, residues 121-134 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755, HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P32447, UniProt: P61830 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris-HCl, Li2SO4, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→44.687 Å / Num. all: 12061 / Num. obs: 12061 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 98.8 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1ROC 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 10.866 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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