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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i6x | ||||||
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タイトル | The structure of a predicted HAD-like family hydrolase from Porphyromonas gingivalis. | ||||||
要素 | Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family加水分解酵素 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) / HAD superfamily / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Mussar, K.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a predicted HAD-like family hydrolase from Porphyromonas gingivalis. (CASP Target) 著者: Cuff, M.E. / Mussar, K.E. / Li, H. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i6x.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i6x.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24610.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: W83 / 遺伝子: PG_0725 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TIGR4 / 参照: UniProt: Q7MWA6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M K/Na tartrate, 0.1M Tris pH7.0, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979616, 0.97951 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月24日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→38.8 Å / Num. all: 10573 / Num. obs: 10573 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.427 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.289 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.905 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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