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万見
- PDB-2hej: Crystal structure of 17alpha-hydroxysteroid dehydrogenase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hej
タイトルCrystal structure of 17alpha-hydroxysteroid dehydrogenase in complex with NADP(H) in a closed conformation
要素Aldo-keto reductase family 1, member C21
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 17a-HSD / AKR1C21 / AKR / aldo-keto reductase / HSD / hydroxysteroid dehydrogenase / closed conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-ketosteroid reductase activity / chlordecone reductase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / steroid dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity ...17-beta-ketosteroid reductase activity / chlordecone reductase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / 3(or 17)α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / steroid dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase activity / ketosteroid monooxygenase activity / carboxylic acid binding / aldo-keto reductase (NADPH) activity / lithocholic acid binding / steroid biosynthetic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / NADP+ binding / steroid metabolic process / NADPH binding / steroid binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Chem-NDP / Aldo-keto reductase family 1 member C21 / Aldo-keto reductase family 1 member C21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-the, V. / Labrie, F. / Breton, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique ...タイトル: Crystal Structures of Mouse 17alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase (Apoenzyme and Enzyme-NADP(H) Binary Complex): Identification of Molecular Determinants Responsible for the Unique 17alpha-reductive Activity of this Enzyme.
著者: Faucher, F. / Pereira de Jesus-Tran, K. / Cantin, L. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Breton, R.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1, member C21
B: Aldo-keto reductase family 1, member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,04313
ポリマ－73,8492
非ポリマー2,19411
水13,619756
1
A: Aldo-keto reductase family 1, member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1158
ポリマ－36,9251
非ポリマー1,1907
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aldo-keto reductase family 1, member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9285
ポリマ－36,9251
非ポリマー1,0044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.500, 53.600, 86.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1, member C21


分子量: 36924.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Akr1c21 / プラスミド: pGEX1lT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: Q9CX32, UniProt: Q91WR5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 767分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 18% PEG-6000, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→38.13 Å / Num. all: 142410 / Num. obs: 142410 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.891 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.88
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.35-1.40.2634.3379921348687.9
1.4-1.60.1666.61154044049992.1
1.6-1.80.07912.7749842572196.5
1.8-20.06615464111610694.5
2-2.50.05822937862134595.1
2.5-30.04930.156873950695.2
3-40.04141.641065741493.3
4-50.0350.513199263591.4
5-100.03445.712639237688.7
100.02446.2121031678.2

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.362 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.647
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.52 Å
Translation3 Å45.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2HE8

2he8


解像度: 1.35→38.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / FOM work R set: 0.855 / Data cutoff high absF: 1548498.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 7147 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.201 142410 --
obs0.201 139404 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.545 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å20 Å2-0.56 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----2.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→38.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5195 0 116 780 6091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.282.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.35-1.360.321310.28927522883
1.36-1.370.4041420.37624952637
1.37-1.380.4121240.38824482572
1.38-1.390.2881530.27827692922
1.39-1.40.2671580.24827242882
1.4-1.410.2931470.24827622909
1.41-1.420.251470.24527672914
1.42-1.430.2891480.24827552903
1.43-1.440.3211400.28526372777
1.44-1.450.2991550.29126602815
1.45-1.470.2451400.23927462886
1.47-1.480.3221250.31325022627
1.48-1.490.2291440.23127722916
1.49-1.510.2511600.22527082868
1.51-1.520.2871170.28926212738
1.52-1.540.341400.32324162556
1.54-1.550.2411510.2227842935
1.55-1.570.2391380.21627312869
1.57-1.580.2671400.21428012941
1.58-1.60.2021370.20727642901
1.6-1.620.2411560.20127802936
1.62-1.640.1981560.227712927
1.64-1.660.2121430.19627702913
1.66-1.680.211500.19527812931
1.68-1.70.2091490.19728172966
1.7-1.720.2051540.1926502804
1.72-1.750.2351400.19927302870
1.75-1.770.2251320.19428412973
1.77-1.80.221540.19627722926
1.8-1.830.2151510.19627732924
1.83-1.860.1971370.18627862923
1.86-1.90.2281260.20226862812
1.9-1.930.2741340.28225532687
1.93-1.970.2151420.19727372879
1.97-2.020.2091410.18427552896
2.02-2.060.2141540.20326752829
2.06-2.120.2961350.24625702705
2.12-2.170.1991600.18527452905
2.17-2.240.1871470.18727562903
2.24-2.310.2271300.20626882818
2.31-2.390.1991420.1927452887
2.39-2.490.2171380.18127822920
2.49-2.60.2231570.19127182875
2.6-2.740.2021270.18627122839
2.74-2.910.2021680.18627142882
2.91-3.130.1991540.18227032857
3.13-3.450.1711270.16426812808
3.45-3.950.181200.15527082828
3.95-4.970.1331590.13726222781
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ligands_.paramligands_.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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