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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2heb | ||||||
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タイトル | CONTRIBUTION OF WATER MOLECULES IN THE INTERIOR OF A PROTEIN TO THE CONFORMATIONAL STABILITY | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Takano, K. / Funahashi, J. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Contribution of water molecules in the interior of a protein to the conformational stability. 著者: Takano, K. / Funahashi, J. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Contribution of the Hydrophobic Effect to the Stability of Human Lysozyme: Calorimetric Studies and X-Ray Structural Analyses of the Nine Valine to Alanine Mutants 著者: Takano, K. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Contribution of Hydrophobic Residues to the Stability of Human Lysozyme: Calorimetric Studies and X-Ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants 著者: Takano, K. / Ogasahara, K. / Kaneda, H. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Kanaya, E. / Kikuchi, M. / Oobatake, M. / Yutani, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2heb.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2heb.ent.gz | 29.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2heb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2heb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2heb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14678.613 Da / 分子数: 1 / 変異: I23A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN LYSOZYME WITH ILE 23 REP / プラスミド: PERI8602 遺伝子 (発現宿主): HUMAN LYSOZYME WITH ILE 23 REPLACED BY ALA 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AH22R- / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Takano, K., (1997) Biochemistry, 36, 688. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 |
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検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月7日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 5702 / % possible obs: 67.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.87 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 21591 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56.2 % / Rmerge(I) obs: 0.185 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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