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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h34 | ||||||
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タイトル | Apoenzyme crystal structure of the tuberculosis serine/threonine kinase, PknE | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase pknE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / apoenzyme (酵素) / serine/threonine protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to nitrosative stress / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / : / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation ...response to nitrosative stress / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / : / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gay, L.M. / Ng, H.L. / Alber, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: A Conserved Dimer and Global Conformational Changes in the Structure of apo-PknE Ser/Thr Protein Kinase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Gay, L.M. / Ng, H.L. / Alber, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h34.cif.gz | 102.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h34.ent.gz | 81.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34058.152 Da / 分子数: 2 / 断片: phosphotransfer catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: pknE / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P72001, UniProt: P9WI77*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-BR / | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.781035 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.771862 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG 8000, 0.2M NaBr, 0.1M HEPES pH 7.0, microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9796 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 12.3 / 数: 106124 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 2.82 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 2.816 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.34 / 反射: 17500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.64 / 反射: 17501 / Reflection acentric: 17178 / Reflection centric: 323 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.217 / SU B: 34.573 / SU ML: 0.309 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.824 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.431 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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