+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2guk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Conserved Protein of Unknown Function from Porphyromonas gingivalis | ||||||
要素 | hypothetical protein PG1857仮説 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta / alpha-helical bundle / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | PG1857-like / PG1857-like / Domain of unknown function DUF2023 / PG1857-like superfamily / Protein of unknown function (DUF2023) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / DUF2023 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Quartey, P. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein from Porphyromonas gingivalis 著者: Kim, Y. / Quartey, P. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 300 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THERE IS NO ...THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THERE IS NO EXPERIMENTAL EVIDENCE ABOUT THE BIOLOGICAL UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT COULD BE A DIMER (AS IN THE ASYMMETRIC UNIT) OR A TETRAMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2guk.cif.gz | 58.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2guk.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2guk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2guk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2guk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14193.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: W83 / 遺伝子: PG1587, GeneID:2551814 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: GenBank: 34541468, UniProt: Q7MTT4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% iso-propanol, 0.1 M HEPES 7.5, 10 % PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 275K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→34.76 Å / Num. all: 20138 / Num. obs: 19279 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1825 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→34.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.435 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.192 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.333 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→34.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|