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- PDB-2g77: Crystal Structure of Gyp1 TBC domain in complex with Rab33 GTPase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g77
タイトルCrystal Structure of Gyp1 TBC domain in complex with Rab33 GTPase bound to GDP and AlF3
要素
  • GTPase-activating protein GYP1
  • Ras-related protein Rab-33B
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR/PROTEIN TRANSPORT / Protein transport / Gyp1 TBC domain / Rab33 / vesicular trafficking / HYDROLASE ACTIVATOR-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / TBC/RABGAPs / Intra-Golgi traffic / RAB geranylgeranylation / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / protein localization to Golgi apparatus / intra-Golgi vesicle-mediated transport / ゴルジ体 ...negative regulation of constitutive secretory pathway / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / TBC/RABGAPs / Intra-Golgi traffic / RAB geranylgeranylation / regulation of Golgi organization / Rab protein signal transduction / protein localization to Golgi apparatus / intra-Golgi vesicle-mediated transport / ゴルジ体 / regulation of exocytosis / skeletal system morphogenesis / autophagosome assembly / vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / Golgi lumen / protein transport / presynapse / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Rab33A/B / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Cyclin A; domain 1 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...Rab33A/B / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Cyclin A; domain 1 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フッ化アルミニウム / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-33B / GTPase-activating protein GYP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Pan, X. / Eathiraj, S. / Munson, M. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: TBC-domain GAPs for Rab GTPases accelerate GTP hydrolysis by a dual-finger mechanism.
著者: Pan, X. / Eathiraj, S. / Munson, M. / Lambright, D.G.
履歴
登録2006年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase-activating protein GYP1
B: Ras-related protein Rab-33B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2595
ポリマ－70,7082
非ポリマー5513
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.200, 94.526, 102.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is same as protein complex in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GTPase-activating protein GYP1 / GAP for YPT1


分子量: 48158.516 Da / 分子数: 1 / 断片: Gyp1 TBC domain / 変異: E405K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GYP1 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL Codon Plus / 参照: UniProt: Q08484
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-33B


分子量: 22549.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab33b / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL Codon Plus / 参照: UniProt: O35963

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非ポリマー , 4種, 419分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 10~15% polyethylene glycol 6000, 100 mM Sodium Acetate, 10% Glycerol, 20 mM NaF, 2mM AlCl3, 50 mM HEPES, pH7.0, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.979026
シンクロトロンNSLS X29A20.9793, 0.9790, 0.9670
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年2月9日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年2月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9790261
20.97931
30.9791
40.9671
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 62674 / Num. obs: 33046 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 37.6 / Observed criterion σ(I): 1017 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique all: 6309 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.26→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.205 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24357 1634 5.1 %RANDOM
Rwork0.20524 ---
all0.207 ---
obs0.20726 30553 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å20 Å20 Å2
2--4.63 Å20 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4141 0 33 416 4590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224276
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9871.9425805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7135501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86924215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16615738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3931528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.22166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.52626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91224107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.81731935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.324.51696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.262→2.316 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 112 -
Rwork0.238 2072 -
obs--97.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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