PDB-2fzu: Reduced enolate chromophore intermediate for GFP variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fzu

タイトル

Reduced enolate chromophore intermediate for GFP variant

要素

Green fluorescent protein

緑色蛍光タンパク質

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) /

chromophore (発色団) / intermediate /

biosynthesis (生合成) /

post-translational modification (翻訳後修飾) /

high resolution (解像度)

機能・相同性

機能・相同性情報

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Barondeau, D.P. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Structural evidence for an enolate intermediate in GFP fluorophore biosynthesis.
著者: Barondeau, D.P. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.

履歴

登録	2006年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 999

SEQUENCE Ser 65 in the database has been mutated to THR. The residues THR 65, TYR 66 and GLY 67 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fzu.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fzu.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/2fzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/2fzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fwqC 1emaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ir7-d 6aa2-2 6ir6-d 2hcg-d 6oa8-d 5dpg-d 7a8m-d 1qyo-d 7a7y-d 3la1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.350, 62.520, 71.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The monomer in the assymetric unit is the biological assembly

#1: タンパク質	Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質分子量: 26820.145 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L, S65T, F99S, M153T, V163A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM MgCl2, 50 mM Hepes, 20% PEG 4K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月28日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→20 Å / Num. all: 154670 / Num. obs: 62613 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 9.9 Å² / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.25→1.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.349 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
SHELXL-97	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ema

1ema

解像度: 1.25→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.199	3116	Random
R_work	0.142	-	-
all	0.142	62451	-
obs	-	59335	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1919	0	11	350	2280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.022
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.032

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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