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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fx8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hiv-1 neutralizing human fab 4e10 in complex with an aib-induced peptide encompassing the 4e10 epitope on gp41 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold / beta-sandwich / antibody-epitope complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cardoso, R.M.F. / Brunel, F.M. / Ferguson, S. / Burton, D.R. / Dawson, P.E. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural basis of enhanced binding of extended and helically constrained peptide epitopes of the broadly neutralizing HIV-1 antibody 4E10. 著者: Cardoso, R.M. / Brunel, F.M. / Ferguson, S. / Zwick, M. / Burton, D.R. / Dawson, P.E. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: Immunity / 年: 2005 タイトル: Broadly neutralizing anti-HIV antibody 4E10 recognizes a helical conformation of a highly conserved fusion-associated motif in gp41 著者: Cardoso, R.M.F. / Zwick, M.B. / Stanfield, R.L. / Kunert, R. / Binley, J.M. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | No database reference is currently available for light and heavy chains (Chains L and H). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fx8.cif.gz | 356.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fx8.ent.gz | 290.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fx8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/2fx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/2fx8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23292.705 Da / 分子数: 4 / 断片: Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23860.848 Da / 分子数: 4 / 断片: Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1607.814 Da / 分子数: 4 / 断片: Peptide Epitope of 4E10 / Mutation: Y681R, I682R / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence includes a fragment of the HIV envelope protein gp41 参照: UniProt: P05880 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 36% MPEG 5000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal,Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0781 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 90395 / Num. obs: 86354 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 7988 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 88.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TZG 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 47.2238 Å2 / ksol: 0.338274 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.318 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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