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- PDB-2fv7: Crystal structure of human ribokinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fv7
タイトルCrystal structure of human ribokinase
要素Ribokinaseリボキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ribokinase (リボキナーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / structural genomics consortium / sgc
機能・相同性
機能・相同性情報


リボキナーゼ / ribokinase activity / ペントースリン酸経路 / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
リボキナーゼ / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リボキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human ribokinase
著者: Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2006年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 42MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ...MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W.DAVIS,J.M.WORD URL : HTTP://KINEMAGE.BIOCHEM.DUKE.EDU/MOLPROBITY/ AUTHORS : J.S.RICHARDSON,W.B.ARENDALL,D.C.RICHARDSON REFERENCE : NEW TOOLS AND DATA FOR IMPROVING : STRUCTURES, USING ALL-ATOM CONTACTS : METHODS IN ENZYMOLOGY. 2003;374:385-412. MOLPROBITY OUTPUT SCORES: ALL-ATOM CLASHSCORE : 9.46 (9.53 B<40) BAD ROTAMERS : 2.1% 10/485 (TARGET 0-1%) RAMACHANDRAN OUTLIERS : 0.0% 0/612 (TARGET 0.2%) RAMACHANDRAN FAVORED : 98.4% 602/612 (TARGET 98.0%)
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribokinase
B: Ribokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,24120
ポリマ－70,2922
非ポリマー94918
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Ribokinase
ヘテロ分子

B: Ribokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,24120
ポリマ－70,2922
非ポリマー94918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_745-x+2,y-1/2,-z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.530, 72.978, 90.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribokinase / リボキナーゼ


分子量: 35145.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / プラスミド: p28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H477, リボキナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 102分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% PEG-550MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34881 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.145 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID
2.1-2.1897.830.26134030.9991
2.18-2.2698.730.22634391.6861
2.26-2.3799.630.18734601.2081
2.37-2.4999.930.12234981.0111
2.49-2.6599.930.08434930.91
2.65-2.8599.930.065353111
2.85-3.1499.93.10.04434891.0031
3.14-3.5999.930.03535281.1971
3.59-4.5299.630.02735311.2711
4.52-5097.52.90.02435091.2071

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å19.74 Å
Translation2.8 Å19.74 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1RKS, 1VM7

1rks

1vm7


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.189 / SU B: 16.602 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 1770 5.115 %thin shells
Rwork0.1979 ---
all0.201 ---
obs0.201 34605 99.186 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.083 Å20 Å2-0.018 Å2
2--0.062 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 70 84 4678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9866360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91437354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5285618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53425.301166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54315758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2331516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.22971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.110.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.53062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1041.51258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92624927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.42423977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53731627
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.32531892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5614.51431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2864.53377
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1540.2941180.25824460.26257599.573
2.154-2.2130.2771180.25523340.256246299.594
2.213-2.2770.571180.40122130.412246094.756
2.277-2.3460.3291180.23621760.24231399.179
2.346-2.4230.2171180.21721600.217228199.868
2.423-2.5070.2561180.21921010.221222199.91
2.507-2.6010.2351180.20220160.204213599.953
2.601-2.7070.2531180.20219520.205207399.855
2.707-2.8260.2461180.2218470.2221965100
2.826-2.9630.212590.20118120.201187299.947
2.963-3.1210.2721180.19616890.201180999.889
3.121-3.3080.268590.19216550.195171599.942
3.308-3.5340.2251180.1814720.183159399.812
3.534-3.8120.219590.16814330.17149899.599
3.812-4.1690.228590.15513210.157138799.495
4.169-4.650.175590.14611960.147125999.682
4.65-5.3480.175590.15410390.155109999.909
5.348-6.4990.25590.1989030.20196799.483
6.499-8.9830.19590.1766760.17775098
8.983-3000.1943940.19445586.593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0286-0.2825-0.62661.77910.62961.3320.0602-0.13210.2849-0.0491-0.08410.1845-0.0842-0.08110.0238-0.1565-0.001-0.0222-0.0711-0.0402-0.091334.82844.718-8.675
21.16730.4705-0.23332.3829-0.79721.9905-0.0152-0.0168-0.08610.0782-0.02860.06240.287-0.13370.0438-0.0756-0.0351-0.0297-0.077-0.0124-0.14736.05950.05233.534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 322
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 403
3X-RAY DIFFRACTION2B15 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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