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- PDB-2fne: The crystal structure of the 13th PDZ domain of MPDZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fne
タイトルThe crystal structure of the 13th PDZ domain of MPDZ
要素Multiple PDZ domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Structural Protein (タンパク質) / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


tight junction assembly / microtubule organizing center organization / apicolateral plasma membrane / bicellular tight junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / apical part of cell / postsynaptic density / apical plasma membrane / 樹状突起 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン ...Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple PDZ domain protein / Multiple PDZ domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Colebrook, S. / Salah, E. / Burgess, N. / Smee, C. / Savitsky, P. / Bray, J. / Schoch, G. ...Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Colebrook, S. / Salah, E. / Burgess, N. / Smee, C. / Savitsky, P. / Bray, J. / Schoch, G. / Phillips, C. / Gileadi, C. / Soundarajan, M. / Yang, X. / Elkins, J.M. / Gorrec, F. / Turnbull, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structure of PICK1 and other PDZ domains obtained with the help of self-binding C-terminal extensions.
著者: Elkins, J.M. / Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Yang, X. / Phillips, C. / Gileadi, C. / Savitsky, P. / Doyle, D.A.
履歴
登録2006年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple PDZ domain protein
B: Multiple PDZ domain protein
C: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5873
ポリマ－37,5873
非ポリマー00
水3,585199
1
A: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5291
ポリマ－12,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5291
ポリマ－12,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5291
ポリマ－12,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Multiple PDZ domain protein

C: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0582
ポリマ－25,0582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_547-x,y-1/2,-z+21
Buried area1010 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.943, 62.380, 53.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1956 - 2048 / Label seq-ID: 25 - 117

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
詳細Each of the three monomers found in the asu represents a biological unit

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要素

#1: タンパク質 Multiple PDZ domain protein / Multi PDZ domain protein 1


分子量: 12529.081 Da / 分子数: 3 / 断片: MPDZ domain, residues 1955-2042 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPDZ, MUPP1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)R3 / 参照: UniProt: Q5VZ62, UniProt: O75970*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG P3350, 0.1M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→39.5 Å / Num. all: 26633 / Num. obs: 26605 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.0508
反射 シェル解像度: 1.83→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.4753 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 4556 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2byg

2byg


解像度: 1.83→39.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.208 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24293 2038 7.7 %RANDOM
Rwork0.19016 ---
all0.19415 26633 --
obs0.19415 26605 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.104 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20.06 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 0 199 2374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9832995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5135304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36624.55779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27215364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5741512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.27231517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.24352369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9517759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.01611622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 636 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.340.5
2Bmedium positional0.610.5
3Cmedium positional0.530.5
1Amedium thermal2.82
2Bmedium thermal1.982
3Cmedium thermal2.022
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 141 -
Rwork0.237 1799 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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