+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fgb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human 17bet a-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 in complexes with PEG and NADP | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / (alpha/beta)8 barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / macromolecule metabolic process / regulation of testosterone biosynthetic process / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, W. / Zhou, M. / Azzi, A. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Lin, S.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structure-based inhibitor design for an enzyme that binds different steroids: a potent inhibitor for human type 5 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase. 著者: Qiu, W. / Zhou, M. / Mazumdar, M. / Azzi, A. / Ghanmi, D. / Luu-The, V. / Labrie, F. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fgb.cif.gz | 87.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2fgb.ent.gz | 66.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgb | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36896.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, KIAA0119, PGFS / プラスミド: PCMV-NEO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42330, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, EC: 1.1.1.213, prostaglandin-F synthase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-P6G / |
#4: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.24 M ammonia sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→47.57 Å / Num. obs: 68644 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.773 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.651 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→47.57 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.383 Å / Total num. of bins used: 20
|