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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f58 | ||||||
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タイトル | IGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 12-RESIDUE CYCLIC PEPTIDE (INCLUDING RESIDUES 315-324 OF HIV-1 GP120) (MN ISOLATE) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN (抗体) / FAB / HIV-1 / GP120 / V3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stanfield, R.L. / Cabezas, E. / Satterthwait, A.C. / Stura, E.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Dual conformations for the HIV-1 gp120 V3 loop in complexes with different neutralizing fabs. 著者: Stanfield, R. / Cabezas, E. / Satterthwait, A. / Stura, E. / Profy, A. / Wilson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f58.cif.gz | 87.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f58.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f58 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23573.012 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01666*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 24864.744 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1027.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS MOLECULE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED |
#4: 化合物 | ChemComp-ARN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: 16% PEG4000, 0.2M IMIDAZOLE MALATE, PH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年5月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→24 Å / Num. obs: 12923 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→3.02 Å / 冗長度: 1.99 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 82.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: FAB 58.2 PORTION OF FAB 58.2/SER-LOOP PEPTIDE COMPLEX 解像度: 2.8→24 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 5
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Xplor file |
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