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- PDB-2ewf: Crystal structure of the site-specific DNA nickase N.BspD6I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewf
タイトルCrystal structure of the site-specific DNA nickase N.BspD6I
要素Nicking endonuclease N.BspD6I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #310 / Restriction Endonuclease - #50 / Restriction endonuclease, type II, AlwI / AlwI restriction endonuclease / 制限酵素 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit / Nicking endonuclease N.BspD6I
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. / Artyukh, R.I. / Rogulin, E.A. / Perevyazova, T.A. / Zheleznaya, L.A. / Matvienko, N.I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the heterodimeric type IIS restriction endonuclease R.BspD6I acting as a complex between a monomeric site-specific nickase and a catalytic subunit.
著者: Kachalova, G.S. / Rogulin, E.A. / Yunusova, A.K. / Artyukh, R.I. / Perevyazova, T.A. / Matvienko, N.I. / Zheleznaya, L.A. / Bartunik, H.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the site-specific DNA nickase Nb.BspD6I
著者: Kachalova, G.S. / Rogulin, E.A. / Artyukh, R.I. / Perevyazova, T.A. / Zheleznaya, L.A. / Matvienko, N.I. / Bartunik, H.D.
#2: ジャーナル: Biochemistry Mosc. / 年: 2003
タイトル: Cloning and sequencing of the gene of site-specific nickase N.BspD6I
著者: Perevyazova, T.A. / Rogulin, E.A. / Zheleznaya, L.A. / Matvienko, N.I.
履歴
登録2005年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicking endonuclease N.BspD6I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,74114
ポリマ－71,7021
非ポリマー1,03913
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.553, 92.562, 76.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicking endonuclease N.BspD6I


分子量: 71702.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: D6 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F / 参照: UniProt: Q8GCA3, UniProt: A3FEV7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.04 M KH2PO4, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9198, 0.9200, 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91981
20.921
31.051
反射解像度: 1.84→20 Å / Num. obs: 67523 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.84→10 Å / Num. parameters: 22116 / Num. restraintsaints: 20045 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3330 -RANDOM
Rwork0.1829 ---
all0.2003 66117 --
obs0.2 62804 99.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5358.79
FreeObs
Luzzati coordinate error0.1 Å0.08 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 13 627 5501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.12
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / Redundancy reflection obs: 3131
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 150 -
Rwork0.23 --
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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