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- PDB-2es0: Structure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2es0
タイトルStructure of the regulator of G-protein signaling domain of RGS6
要素regulator of G-protein signalling 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / HUMAN RGS6 / REGULATOR OF G-PROTEIN SIGNALING 6 / GTPASE-ACTIVATING PROTEINS (GAP) / DOMAIN SWAP / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / extrinsic component of membrane / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G alpha (i) signalling events / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity ...regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / extrinsic component of membrane / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G alpha (i) signalling events / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RGS6, RGS domain / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain ...RGS6, RGS domain / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schoch, G.A. / Phillips, C. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Johansson, C. / Elkins, J.M. / Longman, E. / Gilealdi, C. / Sobott, F. / Ball, L. ...Schoch, G.A. / Phillips, C. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Johansson, C. / Elkins, J.M. / Longman, E. / Gilealdi, C. / Sobott, F. / Ball, L. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / von Delft, F. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: regulator of G-protein signalling 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2371
ポリマ－17,2371
非ポリマー00
水2,414134
1
A: regulator of G-protein signalling 6

A: regulator of G-protein signalling 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4732
ポリマ－34,4732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.567, 77.567, 73.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-110-

HOH

詳細Dimer, with domain swap Form a biological unit with symmetry related molecule (X, Y, -Z)

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要素

#1: タンパク質 regulator of G-protein signalling 6


分子量: 17236.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49758
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 10K; (NH4)(ac); BIS-TRIS , pH pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→72.93 Å / Num. all: 15210 / Num. obs: 15210 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43.143 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.01088 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2183 / Rsym value: 0.01204 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A72.pdb

2a72


解像度: 2.1→67.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.654 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22855 763 5 %RANDOM
Rwork0.19474 ---
obs0.19636 14413 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å21.13 Å20 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 0 134 1195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9791.9421487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74432247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5824.26261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69115195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.378158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4511.5673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0841.5263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7521043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1063498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.84.5442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 51 -
Rwork0.32 1045 -
obs--99.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3 Å / Origin y: 35.5591 Å / Origin z: 2.5897 Å
111213212223313233
T-0.1546 Å2-0.0511 Å2-0.0541 Å2--0.182 Å20.0497 Å2---0.1974 Å2
L5.1292 °2-2.9337 °2-2.6095 °2-2.5416 °21.61 °2--2.1981 °2
S-0.1103 Å °-0.0351 Å °0.0396 Å °0.1714 Å °0.2059 Å °0.0118 Å °0.2014 Å °-0.0734 Å °-0.0956 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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