+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eqb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Rab GTPase Sec4p, the Sec2p GEF domain, and phosphate complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / coiled coil (コイルドコイル) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ascospore-type prospore assembly / Golgi to plasma membrane transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / 小胞融合 / cellular bud tip ...ascospore-type prospore assembly / Golgi to plasma membrane transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / 小胞融合 / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / vesicle docking involved in exocytosis / regulation of exocytosis / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / transport vesicle membrane / エキソサイトーシス / protein secretion / 小胞 / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein localization to plasma membrane / オートファジー / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / GTPase activity / GTP binding / 小胞体 / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sato, Y. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Crystal structure of the Sec4p{middle dot}Sec2p complex in the nucleotide exchanging intermediate state 著者: Sato, Y. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eqb.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2eqb.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/2eqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/2eqb | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19447.211 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 19-187 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P07560 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 11391.563 Da / 分子数: 2 / 断片: GEF domain, residues 51-142 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P17065 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 150mM Dipotassium hydrogenphosphate, 17% PEG 3350, 150mM dimethyl(2-hydroxyethyl)ammonium propane sulfonate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 23619 / Num. obs: 23619 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Net I/σ(I): 12.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Rsym value: 0.288 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 3233822.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4236 Å2 / ksol: 0.307169 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.08 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|