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- PDB-2dro: Crystal structure of reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dro
タイトルCrystal structure of reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylanase D263C mutant
要素Xylanase Y
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / (ALPLA/ALPHA)6 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 8 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Honda, Y. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
引用
ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2009
タイトル: Structural explanation for the acquisition of glycosynthase activity
著者: Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Honda, Y. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The first glycosynthase derived from an inverting glycoside hydrolase
著者: Honda, Y. / Kitaoka, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the specificity of the reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase from Bacillus halodurans C-125
著者: Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Honda, Y. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase from Bacillus halodurans C-125
著者: Honda, Y. / Fushinobu, S. / Hidaka, M. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Kitaoka, M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A family 8 glycoside hydrolase from Bacillus halodurans C-125 (BH2105) is a reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase
著者: Honda, Y. / Kitaoka, M.
履歴
登録2006年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylanase Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3604
ポリマ－46,1171
非ポリマー2433
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.242, 86.369, 87.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xylanase Y / reducing-end-xylose releasing exo-oligoxylanase


分子量: 46116.855 Da / 分子数: 1 / 変異: K2E/D263C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 遺伝子: BH2105 / プラスミド: PET28B-BH2105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3)
参照: UniProt: Q9KB30, oligosaccharide reducing-end xylanase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→61.546 Å / Num. all: 45145 / Num. obs: 44431 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 27.45
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4438 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1WU4

1wu4


解像度: 1.7→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.646 / SU ML: 0.056 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18731 2252 5.1 %RANDOM
Rwork0.16103 ---
all0.1623 42177 --
obs0.1623 42177 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1498 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3083 0 13 445 3541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223197
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9274333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5095375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9623.989178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19515486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9841517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.51910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2422976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06331525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3034.51357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 174 -
Rwork0.214 3087 -
obs--98.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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